第十款 その他の特例（第三十九条―第四十条の三の二）：租税特別措置法
第十款 その他の特例（第三十九条―第四十条の三の二）：租税特別措置法に関する法令（附則を除く）。
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第十款 その他の特例
（相続財産に係る譲渡所得の課税の特例）第三十九条
相続又は遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）による財産の取得（相続税法又は第七十条の五若しくは第七十条の七の三の規定により相続又は遺贈による財産の取得とみなされるものを含む。第六項において同じ。）をした個人で当該相続又は遺贈につき同法の規定による相続税額があるものが、当該相続の開始があつた日の翌日から当該相続に係る同法第二十七条第一項又は第二十九条第一項の規定による申告書（これらの申告書の提出後において同法第四条に規定する事由が生じたことにより取得した資産については、当該取得に係る同法第三十一条第二項の規定による申告書。第四項第一号において「相続税申告書」という。）の提出期限（同号において「相続税申告期限」という。）の翌日以後三年を経過する日までの間に当該相続税額に係る課税価格（同法第十九条又は第二十一条の十四から第二十一条の十八までの規定の適用がある場合には、これらの規定により当該課税価格とみなされた金額）の計算の基礎に算入された資産の譲渡（第三十一条第一項に規定する譲渡所得の基因となる不動産等の貸付けを含む。以下この項、第四項及び第八項において同じ。）をした場合における譲渡所得に係る所得税法第三十三条第三項の規定の適用については、同項に規定する取得費は、当該取得費に相当する金額に当該相続税額のうち当該譲渡をした資産に対応する部分として政令で定めるところにより計算した金額を加算した金額とする。２
前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする年分の確定申告書又は修正申告書（所得税法第百五十一条の四第一項の規定により提出するものに限る。次項において同じ。）に、前項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、同項の規定による譲渡所得の金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。３
税務署長は、確定申告書若しくは修正申告書の提出がなかつた場合又は前項の記載若しくは添付がない確定申告書若しくは修正申告書の提出があつた場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。４
次の各号に掲げる者が第一項に規定する課税価格の計算の基礎に算入された資産の譲渡について同項の規定を適用することにより、当該譲渡をした者の当該譲渡の日の属する年分の所得税につき所得税法第百五十三条の二第一項各号に掲げる場合に該当することとなる場合には、その者は、それぞれ次の各号に定める日まで、税務署長に対し、更正の請求をすることができる。一
当該資産の譲渡をした日の属する年分の確定申告期限の翌日から相続税申告期限までの間に相続税申告書の提出（第六十九条の三第五項第一号（第七十条第九項において準用する場合を含む。）の規定により第二条第三項第一号に規定する期限内申告書とみなされるものの提出を含む。以下この号において「相続税の期限内申告書の提出」という。）をした者（当該確定申告期限までに既に相続税申告書の提出をした者及び当該相続税の期限内申告書の提出後に確定申告書の提出をした者を除く。） 当該相続税の期限内申告書の提出をした日の翌日から二月を経過する日二
当該資産の譲渡をした日以後に当該相続又は遺贈に係る被相続人（包括遺贈者を含む。）の当該相続の開始の日の属する年分の所得税につき所得税法第六十条の三第六項前段の規定の適用があつたことにより、同法第百五十一条の三第一項の規定による修正申告書の提出又は同法第百五十三条の三第一項の規定による更正の請求に基づく国税通則法第二十四条又は第二十六条の規定による更正（当該請求に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び第九項において「更正」という。）があつた者 当該修正申告書の提出又は更正があつた日の翌日から四月を経過する日三
当該資産の譲渡をした日以後に当該相続又は遺贈に係る被相続人（包括遺贈者を含む。）の当該相続の開始の日の属する年分の所得税につき所得税法第百五十一条の六第一項に規定する遺産分割等の事由が生じたことにより、同項の規定による修正申告書の提出又は同法第百五十三条の五の規定による更正の請求に基づく更正があつた者 当該修正申告書の提出又は更正があつた日の翌日から四月を経過する日５
第二項及び第三項の規定は、前項の規定により更正の請求をする場合について準用する。この場合において、第二項中「確定申告書又は修正申告書（所得税法第百五十一条の四第一項の規定により提出するものに限る。次項において同じ。）に、前項」とあるのは「更正請求書に、同項」と、第三項中「、確定申告書若しくは修正申告書」とあるのは「、次項各号に掲げる者の区分に応じ当該各号に定める日までに更正請求書」と、「添付がない確定申告書若しくは修正申告書」とあるのは「添付がない更正請求書」と、「その提出」とあるのは「同日までにその提出」と読み替えるものとする。６
第一項に規定する相続税法の規定による相続税額は、同一の被相続人（第七十条の六第一項に規定する被相続人をいう。）からの相続又は遺贈による財産の取得をした者のうちに同条第一項の規定の適用を受ける者がある場合には、同条第二項に規定する納付すべき相続税の額とし、同法第二十条、第二十一条の十五第三項又は第二十一条の十六第四項の規定により控除される金額がある場合には、同法の規定による相続税額又は当該納付すべき相続税の額に当該金額を加算した金額とする。７
第一項に規定する課税価格の計算の基礎に算入された資産には、相続又は遺贈による当該資産の移転につき所得税法第五十九条第一項又は第六十条の三第一項の規定の適用を受けた資産（同条第四項ただし書の規定の適用を受けるもの又は同項本文の規定が適用されないこととなつたものを除く。）を含まないものとし、当該課税価格の計算の基礎に算入された資産につき第三十三条の三の規定の適用を受けた場合における当該資産に係る同条第一項の換地処分又は同条第二項、第四項若しくは第六項の権利変換により取得した資産を含むものとする。８
第一項の規定を適用する場合において、同項の規定により同項に規定する取得費に加算する金額は、譲渡をした資産ごとに計算するものとする。９
第一項の規定の適用を受けた個人が相続税法第三十二条第一項の規定による更正の請求を行つたことにより第一項の相続税額が減少した場合において、当該相続税額が減少したことに伴い修正申告書を提出したこと又は更正があつたことにより納付すべき所得税の額については、所得税に係る国税通則法第二条第八号に規定する法定納期限の翌日から当該修正申告書の提出があつた日又は当該更正に係る同法第二十八条第一項に規定する更正通知書を発した日までの期間は、同法第六十条第二項の規定による延滞税の計算の基礎となる期間に算入しない。１０
第二項、第三項及び第五項から前項までに定めるもののほか、相続税法第十九条の規定の適用がある場合における第一項に規定する同法の規定による相続税額の計算その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税）第四十条
国又は地方公共団体に対し財産の贈与又は遺贈があつた場合には、所得税法第五十九条第一項第一号の規定の適用については、当該財産の贈与又は遺贈がなかつたものとみなす。公益社団法人、公益財団法人、特定一般法人（法人税法別表第二に掲げる一般社団法人及び一般財団法人で、同法第二条第九号の二イに掲げるものをいう。）その他の公益を目的とする事業（以下この項から第三項まで及び第五項において「公益目的事業」という。）を行う法人（外国法人に該当するものを除く。以下この条において「公益法人等」という。）に対する財産（国外にある土地その他の政令で定めるものを除く。以下この条において同じ。）の贈与又は遺贈（当該公益法人等を設立するためにする財産の提供を含む。以下この条において同じ。）で、当該贈与又は遺贈が教育又は科学の振興、文化の向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与すること、当該贈与又は遺贈に係る財産（当該財産につき第三十三条第一項に規定する収用等があつたことその他の政令で定める理由により当該財産の譲渡をした場合において、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した当該財産に代わるべき資産として政令で定めるものを取得したときは、当該資産（次項、第三項及び第十六項において「代替資産」という。））が、当該贈与又は遺贈があつた日から二年を経過する日までの期間（当該期間内に当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供することが困難である場合として政令で定める事情があるときは、政令で定める期間。次項において同じ。）内に、当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供され、又は供される見込みであることその他の政令で定める要件を満たすものとして国税庁長官の承認を受けたものについても、また同様とする。２
国税庁長官は、前項後段の規定の適用を受けて贈与又は遺贈があつた場合において、当該贈与又は遺贈に係る財産又は代替資産（以下この項において「財産等」という。）が当該贈与又は遺贈があつた日から二年を経過する日までの期間内に当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供されなかつたときその他の当該財産等が当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供される前に政令で定める事実が生じたとき（当該公益法人等が当該財産等（当該財産等の譲渡をした場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する額の金銭）を国又は地方公共団体に贈与した場合その他政令で定める場合を除く。）は、前項後段の承認を取り消すことができる。この場合には、その承認が取り消された時において、政令で定めるところにより、同項に規定する贈与又は遺贈があつたものとみなす。３
国税庁長官は、第一項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈を受けた公益法人等が、当該贈与又は遺贈のあつた後、当該贈与又は遺贈に係る財産又は代替資産（以下この項において「財産等」という。）をその公益目的事業の用に直接供しなくなつた場合その他当該贈与又は遺贈につき政令で定める事実（前項に規定する事実を除く。）が生じた場合（当該公益法人等が当該財産等（当該財産等の譲渡をした場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する額の金銭）を国又は地方公共団体に贈与した場合その他政令で定める場合を除く。）には、第一項後段の承認を取り消すことができる。この場合には、当該公益法人等を当該贈与又は遺贈を行つた個人とみなして、政令で定めるところにより、これに当該財産に係る山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額に係る所得税を課する。４
前項後段の規定の適用を受けた公益法人等に対する法人税法の規定の適用については、同法第三十八条第二項中「次に掲げるもの」とあるのは、「次に掲げるもの及び租税特別措置法第四十条第三項後段（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税）の規定による所得税（当該所得税に係る同項の財産の価額が当該財産の同条第一項に規定する贈与又は遺贈を受けた同項に規定する公益法人等の各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入された場合における当該所得税を除く。）」とする。５
第三項の代替資産には、同項の公益法人等が、同項の贈与又は遺贈を受けた財産（当該公益法人等の公益目的事業の用に二年以上直接供しているものに限る。）の譲渡をし、その譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて資産（当該財産に係る公益目的事業の用に直接供することができる当該財産と同種の資産（財務省令で定めるものを含む。）、土地及び土地の上に存する権利に限る。以下この項及び第十六項において「買換資産」という。）を取得した場合において、その譲渡の日の前日までに、当該譲渡の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときにおける当該買換資産を含むものとする。この場合において、当該公益法人等は、当該買換資産を、当該譲渡の日の翌日から一年を経過する日までの期間（当該期間内に当該公益目的事業の用に直接供することが困難である場合として政令で定める事情があるときは、政令で定める期間）内に、当該公益目的事業の用に直接供しなければならない。６
第一項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈（以下この条において「特定贈与等」という。）を受けた公益法人等が、合併により当該公益法人等に係る第三項に規定する財産等を合併後存続する法人又は合併により設立する法人（公益法人等に該当するものに限る。以下この項において「公益合併法人」という。）に移転しようとする場合において、当該合併の日の前日までに、政令で定めるところにより、当該合併の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときは、当該合併の日以後は、当該公益合併法人は当該特定贈与等に係る公益法人等と、当該公益合併法人がその移転を受けた資産は当該特定贈与等に係る財産と、それぞれみなして、この条の規定を適用する。７
特定贈与等を受けた公益法人等が、解散（合併による解散を除く。）による残余財産の分配又は引渡しにより当該公益法人等に係る第三項に規定する財産等を他の公益法人等（以下この項において「解散引継法人」という。）に移転しようとする場合において、当該解散の日の前日までに、政令で定めるところにより、当該解散の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときは、当該解散の日以後は、当該解散引継法人は当該特定贈与等に係る公益法人等と、当該解散引継法人がその移転を受けた資産は当該特定贈与等に係る財産と、それぞれみなして、この条の規定を適用する。８
特定贈与等を受けた公益法人等で公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（平成十八年法律第四十九号。以下この項及び第十四項において「公益認定法」という。）第二十九条第一項又は第二項の規定による公益認定法第五条に規定する公益認定の取消しの処分（当該取消しの処分に係る事由により第一項後段の承認を取り消すことができる場合の当該処分を除く。以下この項において「特定処分」という。）を受けたもの（当該特定処分後において、第一項に規定する特定一般法人に該当するものに限る。以下この項において「当初法人」という。）が、同条第十七号に規定する定款の定めに従い、その有する公益認定法第三十条第二項に規定する公益目的取得財産残額に相当する額の財産（以下この項において「引継財産」という。）を他の公益法人等（以下この項において「引継法人」という。）に贈与しようとする場合において、当該贈与の日の前日までに、政令で定めるところにより、当該贈与の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときは、当該贈与の日以後は、当該引継法人は当該特定贈与等に係る公益法人等と、当該引継法人が当該贈与を受けた公益引継資産（当該引継財産のうち、当該特定処分を受けた公益法人等に係る第三項に規定する財産等に相当するものとして政令で定める部分をいう。）は当該特定贈与等に係る財産と、それぞれみなして、この条の規定を適用する。この場合において、当該贈与の日以後は、当該当初法人については、第三項の規定は、適用しない。９
特定贈与等を受けた第一項に規定する特定一般法人が、第三項に規定する財産等を他の公益法人等（以下この項において「受贈公益法人等」という。）に贈与しようとする場合（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号）第百十九条第二項第一号ロに掲げる寄附に該当する場合に限る。）において、当該贈与の日の前日までに、政令で定めるところにより、当該贈与の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときは、当該贈与の日以後は、当該受贈公益法人等は当該特定贈与等に係る公益法人等と、当該受贈公益法人等が当該贈与を受けた資産は当該特定贈与等に係る財産と、それぞれみなして、この条の規定を適用する。１０
特定贈与等を受けた公益法人等（幼稚園（就学前の子どもに関する教育、保育等の総合的な提供の推進に関する法律（平成十八年法律第七十七号）第二条第二項に規定する幼稚園をいう。以下この項において同じ。）又は保育所等（同条第五項に規定する保育所等をいう。以下この項において同じ。）を設置する者で政令で定める要件を満たすものに限る。以下この項において「譲渡法人」という。）が、当該譲渡法人に係る第三項に規定する財産等（当該幼稚園又は保育所等に係る事業の用に直接供されているものに限る。）を他の公益法人等（同条第七項に規定する幼保連携型認定こども園、幼稚園又は保育所等を設置しようとする者で政令で定める要件を満たすものに限る。以下この項において「譲受法人」という。）に贈与をしようとする場合において、当該贈与の日の前日までに、政令で定めるところにより、当該贈与の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときは、当該贈与の日以後は、当該譲受法人は当該特定贈与等に係る公益法人等と、当該譲受法人がその贈与を受けた資産は当該特定贈与等に係る財産と、それぞれみなして、この条の規定を適用する。１１
第六項に規定する公益合併法人が、特定贈与等を受けた公益法人等から合併により資産の移転を受けた場合（当該公益法人等が当該移転につき同項に規定する書類を当該合併の日の前日までに提出しなかつた場合に限る。）において、当該公益合併法人が、政令で定めるところにより、当該資産が当該特定贈与等に係る第三項に規定する財産等であることを知つた日の翌日から二月を経過した日の前日までに、当該合併の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときは、第六項の規定にかかわらず、当該合併の日以後は、当該公益合併法人は当該特定贈与等に係る公益法人等と、当該公益合併法人がその移転を受けた資産は当該特定贈与等に係る財産と、それぞれみなして、この条の規定を適用する。１２
前項の規定は、第八項に規定する引継法人が同項に規定する当初法人から同項に規定する引継財産の贈与を受けた場合（当該当初法人が当該贈与につき同項に規定する書類を当該贈与の日の前日までに提出しなかつた場合に限る。）、第九項に規定する受贈公益法人等が同項に規定する特定一般法人から同項に規定する財産等の贈与を受けた場合（当該特定一般法人が当該贈与につき同項に規定する書類を当該贈与の日の前日までに提出しなかつた場合に限る。）及び第十項に規定する譲受法人が同項に規定する譲渡法人から同項に規定する財産等の贈与を受けた場合（当該譲渡法人が当該贈与につき同項に規定する書類を当該贈与の日の前日までに提出しなかつた場合に限る。）について準用する。この場合において、当該引継法人が当該当初法人から当該引継財産の贈与を受けた場合について準用するときは、前項中「資産は」とあるのは、「第八項に規定する公益引継資産は」と読み替えるものとする。１３
第五項後段の規定は第六項から第十一項（前項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）までの規定を適用する場合について、第八項後段の規定は第九項の特定一般法人、第十項の譲渡法人並びに前項の規定を適用する場合における同項の当初法人、特定一般法人及び譲渡法人について、それぞれ準用する。この場合において、第十項の譲受法人又は前項の譲受法人について第十項又は第十一項の規定を適用する場合について準用する第五項後段中「当該公益目的事業の用」とあるのは、「当該公益目的事業の用（政令で定める事業の用に限る。）」と読み替えるものとする。１４
第九項に規定する特定一般法人が、公益認定法第四条の認定を受けた場合には、当該認定を受けた日から一月以内に、政令で定めるところにより、当該特定一般法人の名称、所在地及び行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律第二条第十五項に規定する法人番号その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出しなければならない。１５
国税庁長官は、第一項後段の承認をしたときは、その旨を当該承認を申請した者及び当該申請に係る公益法人等に対し、当該承認をしないことを決定したとき又は当該承認を第二項の規定により取り消したときは、その旨を当該承認を申請した者又は当該承認を受けていた者に対し、当該承認を第三項の規定により取り消したときは、その旨を当該承認に係る公益法人等に対し、それぞれ通知しなければならない。１６
個人から贈与又は遺贈を受けた資産（当該資産に係る代替資産又は買換資産に該当するものを含む。以下この項において「受贈資産」という。）を有する公益法人等が当該受贈資産の移転につき第五項から第十項までの規定の適用を受けようとする場合には、当該公益法人等は、政令で定めるところにより、国税庁長官に対し、当該受贈資産が当該公益法人等に係る特定贈与等に係る第三項に規定する財産等であることの確認を求めることができる。この場合において、当該公益法人等が当該受贈資産のうち平成二十年十二月一日以後の贈与又は遺贈に係るものについてその確認を求めることができるのは、その確認を求めることにつき災害その他やむを得ない理由がある場合に限るものとする。１７
国税庁長官は、前項の規定により確認を求められたときは、当該確認に係る公益法人等に対し、速やかに回答しなければならない。１８
第一項後段の承認につき、その承認をしないことの決定若しくは第二項の取消しがあつた場合（当該取消しがあつた場合には、政令で定める場合に限る。）における当該承認を申請した者若しくは当該承認を受けていた者の納付すべき所得税の額で当該処分に係る財産の贈与若しくは遺贈に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額又は第三項の取消しがあつた場合（政令で定める場合に限る。）における当該承認に係る公益法人等の納付すべき所得税の額についての国税通則法第六十条第二項の規定の適用については、同項本文に規定する期間は、同項の規定にかかわらず、当該決定又は取消しの通知をした日の翌日から当該金額を完納する日までの期間とする。１９
第一項の規定の適用を受ける財産の贈与又は遺贈について所得税法第七十八条第一項の規定又は第四十一条の十八の二若しくは第四十一条の十八の三の規定の適用がある場合におけるこれらの規定の適用については、同法第七十八条第二項中「寄附金（学校の入学に関してするものを除く。）」とあるのは「寄附金（租税特別措置法第四十条第一項（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税）の規定の適用を受けるもののうち同項に規定する財産の贈与又は遺贈に係る山林所得の金額若しくは譲渡所得の金額で第三十二条第三項に規定する山林所得の特別控除額若しくは第三十三条第三項に規定する譲渡所得の特別控除額を控除しないで計算した金額又は雑所得の金額に相当する部分及び学校の入学に関してするものを除く。）」と、第四十一条の十八の二第一項中「その寄附をした者」とあるのは「第四十条第一項の規定の適用を受けるもののうち同項に規定する財産の贈与又は遺贈に係る山林所得の金額若しくは譲渡所得の金額で所得税法第三十二条第三項に規定する山林所得の特別控除額若しくは同法第三十三条第三項に規定する譲渡所得の特別控除額を控除しないで計算した金額又は雑所得の金額に相当する部分及びその寄附をした者」と、「所得税法」とあるのは「同法」とする。２０
第十八項に定めるもののほか、第一項後段の承認の手続、第二項後段の規定によりあつたものとみなされる贈与又は遺贈に係る所得税法第七十八条の規定の特例、第三項後段の規定により贈与又は遺贈を行つた個人とみなされる公益法人等に対する所得税に関する法令の規定の適用に関する特例、当該公益法人等（合併又は解散（合併による解散を除く。）をするものに限る。）に対する所得税の納税義務の成立時期に関する特例その他第一項から第十七項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。（国等に対して重要文化財等を譲渡した場合の譲渡所得の課税の特例）第四十条の二
個人が、その有する資産（土地を除く。以下この条において同じ。）で、文化財保護法第二十七条第一項の規定により重要文化財として指定されたものを国、独立行政法人国立文化財機構、独立行政法人国立美術館、独立行政法人国立科学博物館、地方公共団体又は地方独立行政法人（地方独立行政法人法第二十一条第五号に掲げる業務を主たる目的とするもののうち政令で定めるものに限る。）（次項において「国等」という。）に譲渡した場合の当該譲渡に係る譲渡所得については、所得税を課さない。２
個人が、平成四年四月一日から平成三十年十二月三十一日までの間に、その有する資産で、文化財保護法第七十八条第一項の規定により重要有形民俗文化財として指定されたもの（第一号において「重要有形民俗文化財」という。）を国等に譲渡した場合の当該譲渡に係る譲渡所得に対する所得税法第三十三条の規定又は第三十一条若しくは第三十二条の規定の適用については、次に定めるところによる。一
所得税法第三十三条第三項の譲渡所得に係る収入金額から当該所得の基因となつた資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除した残額は、当該重要有形民俗文化財の譲渡に係る当該残額に相当する金額から当該残額の二分の一に相当する金額を控除した金額とする。二
第三十一条第一項及び第三十二条第一項中「金額とする。」とあるのは、「金額とする。）の二分の一に相当する金額（」とする。（物納による譲渡所得等の非課税）第四十条の三
個人がその財産を相続税法第四十二条第二項（同法第四十五条第二項において準用する場合を含む。）又は第四十八条の二第三項の規定による許可を受けて物納した場合には、所得税法第三十二条又は第三十三条の規定の適用については、当該財産（相続税法第四十一条第一項後段（同法第四十五条第二項又は第四十八条の二第六項において準用する場合を含む。）の規定の適用がある場合には、当該財産のうち同法第四十一条第一項（同法第四十五条第二項において準用する場合を含む。）又は第四十八条の二第一項に規定する納付を困難とする金額として政令で定める額に相当するものとして政令で定める部分）の譲渡がなかつたものとみなす。（債務処理計画に基づき資産を贈与した場合の課税の特例）第四十条の三の二
第四十二条の四第六項第四号に規定する中小企業者に該当する内国法人の取締役又は業務を執行する社員である個人で当該内国法人の債務の保証に係る保証債務を有するものが、当該個人の有する資産（有価証券を除く。）で当該資産に設定された賃借権、使用貸借権その他資産の使用又は収益を目的とする権利が現に当該内国法人の事業の用に供されているもの（当該資産又は権利のうちに当該内国法人の事業の用以外の用に供されている部分がある場合には、当該内国法人の事業の用に供されている部分として政令で定める部分に限る。以下この条において同じ。）を、当該内国法人について策定された債務処理に関する計画で一般に公表された債務処理を行うための手続に関する準則に基づき策定されていることその他の政令で定める要件を満たすもの（以下この項において「債務処理計画」という。）に基づき、平成二十五年四月一日から平成三十一年三月三十一日までの間に当該内国法人に贈与した場合には、次に掲げる要件を満たしているときに限り、所得税法第五十九条第一項第一号の規定の適用については、当該資産の贈与がなかつたものとみなす。一
当該個人が、当該債務処理計画に基づき、当該内国法人の債務の保証に係る保証債務の一部を履行していること。二
当該債務処理計画に基づいて行われた当該内国法人に対する資産の贈与及び前号の保証債務の一部の履行後においても、当該個人が当該内国法人の債務の保証に係る保証債務を有していることが、当該債務処理計画において見込まれていること。三
当該内国法人が、当該資産の贈与を受けた後に、当該資産をその事業の用に供することが当該債務処理計画において定められていること。四
当該内国法人が中小企業者等に対する金融の円滑化を図るための臨時措置に関する法律（平成二十一年法律第九十六号）第二条第一項に規定する金融機関から受けた事業資金の貸付けにつき、当該貸付けに係る債務の弁済の負担を軽減するため、同法の施行の日から平成二十八年三月三十一日までの間に条件の変更が行われていること。２
前項の規定は、確定申告書に、同項の規定の適用を受ける旨の記載があり、かつ、同項の贈与をした資産の種類その他の財務省令で定める事項を記載した書類及び同項各号に掲げる要件を満たす旨を証する書類として財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。３
税務署長は、確定申告書の提出がなかつた場合又は前項の記載若しくは添付がない確定申告書の提出があつた場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。（非居住者の内部取引に係る課税の特例）第四十条の三の三
恒久的施設を有する非居住者の平成二十九年以後の各年において、当該非居住者の事業場等（所得税法第百六十一条第一項第一号に規定する事業場等をいう。第十六項において同じ。）と恒久的施設との間の同号に規定する内部取引（以下この条において「内部取引」という。）の対価の額とした額（第十二項及び第十三項において「内部取引価格」という。）が独立企業間価格と異なることにより、当該非居住者の各年分の同法第百六十四条第一項第一号イに掲げる国内源泉所得につき同法第百六十五条第一項の規定により準じて計算した各種所得の金額の計算上、収入金額とすべき金額若しくは総収入金額に算入すべき金額が過少となるとき、又は必要経費に算入すべき金額若しくは支出した金額に算入すべき金額が過大となるときは、当該非居住者のその年分の同号イに掲げる国内源泉所得に係る所得に係る同法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該内部取引は、独立企業間価格によるものとする。２
前項に規定する独立企業間価格とは、内部取引が次の各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める方法のうち、当該内部取引の内容及び当該内部取引の当事者が果たす機能その他の事情を勘案して、当該内部取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従つて行われるとした場合に当該内部取引の対価の額とされるべき額を算定するための最も適切な方法により算定した金額をいう。一
棚卸資産の販売又は購入 次に掲げる方法イ
独立価格比準法（特殊の関係として政令で定める関係（ロにおいて「特殊の関係」という。）にない売手と買手が、内部取引に係る棚卸資産と同種の棚卸資産を当該内部取引と取引段階、取引数量その他が同様の状況の下で売買した取引の対価の額（当該同種の棚卸資産を当該内部取引と取引段階、取引数量その他に差異のある状況の下で売買した取引がある場合において、その差異により生ずる対価の額の差を調整できるときは、その調整を行つた後の対価の額を含む。）に相当する金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法をいう。）ロ
再販売価格基準法（内部取引に係る棚卸資産の買手が特殊の関係にない者に対して当該棚卸資産を販売した対価の額（ロにおいて「再販売価格」という。）から通常の利潤の額（当該再販売価格に政令で定める通常の利益率を乗じて計算した金額をいう。）を控除して計算した金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法をいう。）ハ
原価基準法（内部取引に係る棚卸資産の売手の購入、製造その他の行為による取得の原価の額に通常の利潤の額（当該原価の額に政令で定める通常の利益率を乗じて計算した金額をいう。）を加算して計算した金額をもつて当該内部取引の対価の額とされるべき額とする方法をいう。）ニ
イからハまでに掲げる方法に準ずる方法その他政令で定める方法二
前号に掲げる取引以外の取引 同号イからニまでに掲げる方法と同等の方法３
国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員が、非居住者に内部取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類として財務省令で定めるもの（その作成又は保存に代えて電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他の人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。次項において同じ。）の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。）又はその写しの提示又は提出を求めた場合において、当該非居住者がこれらを遅滞なく提示し、又は提出しなかつたときは、税務署長は、次の各号に掲げる方法（第二号に掲げる方法は、第一号に掲げる方法を用いることができない場合に限り、用いることができる。）により算定した金額を当該独立企業間価格と推定して、当該非居住者のその年分の所得税法第百六十四条第一項第一号イに掲げる国内源泉所得につき同法第百六十五条第一項の規定により同法第二十二条の規定に準じて計算した金額又は同法第二条第一項第二十五号に規定する純損失の金額につき同項第四十三号に規定する更正（以下この条において「更正」という。）又は同項第四十四号に規定する決定（第十二項において「決定」という。）をすることができる。一
当該非居住者の当該内部取引に係る事業と同種の事業を営む個人で事業規模その他の事業の内容が類似するものの当該事業に係る売上総利益率又はこれに準ずる割合として政令で定める割合を基礎とした前項第一号ロ若しくはハに掲げる方法又は同項第二号に定める方法（同項第一号ロ又はハに掲げる方法と同等の方法に限る。）二
前項第一号ニに規定する政令で定める方法又は同項第二号に定める方法（当該政令で定める方法と同等の方法に限る。）に類するものとして政令で定める方法４
国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、非居住者が前項に規定する財務省令で定めるもの又はその写しを遅滞なく提示し、又は提出しなかつた場合において、当該非居住者の内部取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、その必要と認められる範囲内において、当該非居住者の当該内部取引に係る事業と同種の事業を営む者に質問し、当該事業に関する帳簿書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項、次項及び第八項において同じ。）を検査し、又は当該帳簿書類（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求めることができる。５
国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、非居住者の内部取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、前項の規定に基づき提出された帳簿書類（その写しを含む。）を留め置くことができる。６
前二項の規定による当該職員の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。７
国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、第四項の規定による質問、検査又は提示若しくは提出の要求をする場合には、その身分を示す証明書を携帯し、関係人の請求があつたときは、これを提示しなければならない。８
次の各号のいずれかに該当する者は、三十万円以下の罰金に処する。一
第四項の規定による当該職員の質問に対して答弁せず、若しくは偽りの答弁をし、又は同項の規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避した者二
第四項の規定による帳簿書類の提示又は提出の要求に対し、正当な理由がなくこれに応じず、又は偽りの記載若しくは記録をした帳簿書類（その写しを含む。）を提示し、若しくは提出した者９
法人（人格のない社団等（法人税法第二条第八号に規定する人格のない社団等をいう。以下この項及び次項において同じ。）を含む。以下この項において同じ。）の代表者（人格のない社団等の管理人を含む。）又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関して前項の違反行為をしたときは、その行為者を罰するほか、その法人又は人に対して同項の刑を科する。１０
人格のない社団等について前項の規定の適用がある場合には、その代表者又は管理人がその訴訟行為につきその人格のない社団等を代表するほか、法人を被告人又は被疑者とする場合の刑事訴訟に関する法律の規定を準用する。１１
非居住者の内部取引につき第一項の規定の適用があつた場合において、同項の規定の適用に関し国税通則法第二十三条第一項第一号又は第三号に掲げる事由が生じたときの同項（第二号を除く。）の規定の適用については、同項中「五年」とあるのは、「六年」とする。１２
更正若しくは決定（以下この項において「更正決定」という。）又は国税通則法第三十二条第五項に規定する賦課決定（以下この条において「賦課決定」という。）で次の各号に掲げるものは、同法第七十条第一項の規定にかかわらず、当該各号に定める期限又は日から六年を経過する日まで、することができる。この場合において、同条第三項及び第四項並びに同法第七十一条第一項の規定の適用については、同法第七十条第三項中「前二項の規定により」とあるのは「前二項及び租税特別措置法第四十条の三の三第十二項（非居住者の内部取引に係る課税の特例）の規定により」と、「、前二項」とあるのは「、前二項及び同法第四十条の三の三第十二項」と、同条第四項中「第一項又は前項」とあるのは「第一項、前項又は租税特別措置法第四十条の三の三第十二項」と、同法第七十一条第一項中「が前条」とあるのは「が前条及び租税特別措置法第四十条の三の三第十二項（非居住者の内部取引に係る課税の特例）」と、「、前条」とあるのは「、前条及び同項」とする。一
非居住者が内部取引価格を第一項に規定する独立企業間価格と異なる額とした事実に基づいてする所得税に係る更正決定又は当該更正決定に伴い国税通則法第十九条第一項に規定する課税標準等若しくは税額等に異動を生ずべき所得税に係る更正決定 これらの更正決定に係る所得税の同法第二条第七号に規定する法定申告期限（同法第六十一条第一項に規定する還付請求申告書に係る更正については、当該還付請求申告書を提出した日）二
前号に規定する事実に基づいてする所得税に係る更正決定若しくは国税通則法第二条第六号に規定する納税申告書（同法第十七条第二項に規定する期限内申告書を除く。以下この号において「納税申告書」という。）の提出又は当該更正決定若しくは当該納税申告書の提出に伴い前号に規定する異動を生ずべき所得税に係る更正決定若しくは納税申告書の提出に伴いこれらの所得税に係る同法第六十九条に規定する加算税についてする賦課決定 その納税義務の成立の日１３
非居住者が内部取引価格を第一項に規定する独立企業間価格と異なる額としたことに伴い納付すべき税額が過少となり、又は国税通則法第二条第六号に規定する還付金の額が過大となつた所得税に係る同法第七十二条第一項に規定する国税の徴収権の時効は、同法第七十三条第三項の規定の適用がある場合を除き、当該所得税の同法第七十二条第一項に規定する法定納期限（同法第七十条第三項の規定による更正又は賦課決定に係るものを除く。）から一年間は、進行しない。１４
前項の場合においては、国税通則法第七十三条第三項ただし書の規定を準用する。この場合において、同項ただし書中「二年」とあるのは、「一年」と読み替えるものとする。１５
第十二項の規定により読み替えて適用される国税通則法第七十条第三項の規定による更正又は賦課決定により納付すべき所得税に係る同法第七十二条第一項の規定の適用については、同項中「第七十条第三項」とあるのは、「租税特別措置法第四十条の三の三第十二項（非居住者の内部取引に係る課税の特例）の規定により読み替えて適用される第七十条第三項」とする。１６
第一項の規定の適用がある場合において、非居住者の恒久的施設と当該非居住者（所得税法第百六十二条第一項に規定する租税条約（以下この項及び次条第一項において「租税条約」という。）の規定により租税条約の我が国以外の締約国又は締約者（以下この項及び次条第一項において「条約相手国等」という。）の居住者とされるものに限る。）の事業場等との間の内部取引に係る第一項に規定する独立企業間価格につき財務大臣が当該条約相手国等の権限ある当局との間で当該租税条約に基づく合意をしたことその他の政令で定める要件を満たすときは、国税局長又は税務署長は、政令で定めるところにより、当該非居住者が同項の規定の適用により納付すべき所得税に係る延滞税のうちその計算の基礎となる期間で財務大臣が当該条約相手国等の権限ある当局との間で合意をした期間に対応する部分に相当する金額を免除することができる。１７
第二項第一号イに規定する特殊の関係が存在するかどうかの判定に関する事項その他第一項から第三項まで及び第五項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）第四十条の三の四
非居住者が租税条約の規定に基づき当該非居住者に係る条約相手国等の権限ある当局に対し当該租税条約に規定する申立てをした場合には、税務署長等（国税通則法第四十六条第一項に規定する税務署長等をいう。以下この条において同じ。）は、当該申立てに係る前条第十二項第一号に掲げる更正決定により納付すべき所得税の額（当該申立てに係る条約相手国等との間の租税条約に規定する協議の対象となるものに限る。）及び当該所得税の額に係る同法第六十九条に規定する加算税の額として政令で定めるところにより計算した金額を限度として、当該申立てをした者の申請に基づき、その納期限（同法第三十七条第一項に規定する納期限をいい、当該申請が当該納期限後であるときは当該申請の日とする。）から当該条約相手国等の権限ある当局との間の合意に基づく同法第二十六条の規定による更正があつた日（当該合意がない場合その他の政令で定める場合にあつては、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間（第七項において「納税の猶予期間」という。）に限り、その納税を猶予することができる。ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該所得税の額以外の国税の滞納がある場合は、この限りでない。２
税務署長等は、前項の規定による納税の猶予（以下この条において「納税の猶予」という。）をする場合には、その猶予に係る金額に相当する担保を徴さなければならない。ただし、その猶予に係る税額が百万円以下である場合、その猶予の期間が三月以内である場合又は担保を徴することができない特別の事情がある場合は、この限りでない。３
国税通則法第四十六条第六項の規定は、前項の規定により担保を徴する場合について準用する。４
国税通則法第四十七条及び第四十八条の規定は、納税の猶予をする場合又は納税の猶予を認めない場合について準用する。この場合において、同法第四十七条第一項中「第四十六条（納税の猶予の要件等）」とあるのは「租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）」と、同条第二項中「前条第一項から第四項までの規定による申請書の提出があつた」とあるのは「租税特別措置法第四十条の三の四第一項の申請がされた」と読み替えるものとする。５
納税の猶予を受けた者が次の各号のいずれかに該当する場合には、税務署長等は、その猶予を取り消すことができる。この場合においては、国税通則法第四十九条第二項及び第三項の規定を準用する。一
第一項の申立てを取り下げたとき。二
第一項の協議に必要な書類の提出につき協力しないとき。三
国税通則法第三十八条第一項各号のいずれかに該当する事実がある場合において、その者がその猶予に係る所得税を猶予期間内に完納することができないと認められるとき。四
その猶予に係る所得税につき提供された担保について税務署長等が国税通則法第五十一条第一項の規定によつてした命令に応じないとき。五
新たに猶予に係る所得税の額以外の国税を滞納したとき（税務署長等がやむを得ない理由があると認めるときを除く。）。六
前各号に掲げるもののほか、その者の財産の状況その他の事情の変化によりその猶予を継続することが適当でないと認められるとき。６
納税の猶予を受けた所得税についての国税通則法及び国税徴収法の規定の適用については、国税通則法第二条第八号中「納税の猶予又は」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同法第五十二条第一項中「及び納税の猶予」とあるのは「及び納税の猶予（租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。以下この項において同じ。）」と、同法第五十五条第一項第一号及び第七十三条第四項中「納税の猶予」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。）」と、国税徴収法第二条第九号中「納税の猶予又は」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同条第十号中「納税の猶予又は」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第四十条の三の四第一項の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同法第百五十一条第一項中「納税の猶予の要件等）又は」とあるのは「納税の猶予の要件等）、租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）又は」と、同法第百五十一条の二第一項中「納税の猶予の要件等）」とあるのは「納税の猶予の要件等）又は租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）」と、同条第二項第一号中「第三項まで」とあるのは「第三項まで若しくは租税特別措置法第四十条の三の四第一項」と、同項第二号中「第三項まで」とあるのは「第三項まで若しくは租税特別措置法第四十条の三の四第一項」と、「同法」とあるのは「国税通則法」と、「含む。）」とあるのは「含む。）又は租税特別措置法第四十条の三の四第五項第五号」とする。７
納税の猶予をした場合には、その猶予をした所得税に係る延滞税のうち納税の猶予期間（第一項の申請が同項の納期限以前である場合には、当該申請の日を起算日として当該納期限までの期間を含む。）に対応する部分の金額は、免除する。ただし、第五項の規定による取消しの基因となるべき事実が生じた場合には、その生じた日後の期間に対応する部分の金額については、税務署長等は、その免除をしないことができる。８
納税の猶予に関する申請の手続に関し必要な事項は、政令で定める。出典
法令データ提供システム http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S32/S32HO026.html
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当コンテンツは、よくあるご質問（法令検索内）Q9に基づき、総務省行政管理局：法令データ提供システムのデータを利用して作成されています。