第十四節 連結法人である沖縄の認定法人の課税の特例（第三十九条の九十）：租税特別措置法施行令
第十四節 連結法人である沖縄の認定法人の課税の特例（第三十九条の九十）：租税特別措置法施行令に関する法令（附則を除く）。
租税特別措置法施行令：法令データ提供システム（総務省行政管理局）
第十四節 連結法人である沖縄の認定法人の課税の特例
（沖縄の認定法人の連結所得の特別控除）第三十九条の九十
法第六十八条の六十三第一項に規定する政令で定める場合は、同項の連結親法人又はその連結子法人が合併により設立された法人であり、かつ、当該合併に係る被合併法人が同項の表の各号の中欄に掲げる地区内において当該各号の下欄に掲げる事業を行つていた法人である場合その他の財務省令で定める場合とし、同項に規定する政令で定める期間は、当該連結親法人又はその連結子法人の設立の日から適用月数（百二十月から当該被合併法人が当該地区内において当該事業を行つていた期間の月数その他の財務省令で定める期間の月数を控除した月数をいう。）を経過する日までの期間とする。２
法第六十八条の六十三第一項に規定する政令で定める事業は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に規定する地区以外の地域において行われる当該各号に定める事業とする。一
法第六十八条の六十三第一項の表の第一号の中欄に掲げる地区において同号の下欄に掲げる事業が行われる場合 沖縄振興特別措置法施行令第十一条第二項第三号イからトまでに掲げる業務に係る事業二
法第六十八条の六十三第一項の表の第二号の中欄に掲げる地区において同号の下欄に掲げる事業が行われる場合 当該地区において行われる事業が沖縄振興特別措置法施行令第二十一条第二項第五号イからハまでに掲げる事業のいずれに該当するかに応じそれぞれ同号イからハまでに定める業務に係る事業３
法第六十八条の六十三第一項に規定する政令で定める金額は、同項の表の各号の中欄に掲げる地区内で行う当該各号の下欄に掲げる事業（以下この条において「特定事業」という。）ごとに、当該各号の上欄に掲げる連結法人に該当する同項の連結親法人及びその各連結子法人の当該特定事業により生じた連結所得のみについて法人税を課するものとした場合に課税標準となるべき当該連結事業年度の連結所得の金額に相当する金額とする。４
法第六十八条の六十三第二項に規定する政令で定める場合は、同項の連結親法人又はその連結子法人が合併により設立された法人であり、かつ、当該合併に係る被合併法人が同項に規定する経済金融活性化特別地区として指定された地区（以下この項及び第九項において「経済金融活性化特別地区」という。）内において沖縄振興特別措置法第五十六条第一項に規定する特定経済金融活性化産業に属する事業を行つていた法人である場合その他の財務省令で定める場合とし、法第六十八条の六十三第二項に規定する政令で定める期間は、当該連結親法人又はその連結子法人の設立の日から適用月数（百二十月から当該被合併法人が経済金融活性化特別地区内において当該事業を行つていた期間の月数その他の財務省令で定める期間の月数を控除した月数をいう。）を経過する日までの期間とする。５
法第六十八条の六十三第二項に規定する政令で定める金額は、同項に規定する連結法人に該当する同項の連結親法人又はその各連結子法人（以下この条においてそれぞれ「認定連結親法人」又は「認定連結子法人」という。）の当該連結事業年度の個別所得金額（法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額をいう。第十項第一号イにおいて同じ。）とする。６
各特定事業に係る特定事業軽減対象連結欠損金額（各特定事業ごとに、法第六十八条の六十三第一項の表の各号の上欄に掲げる連結法人に該当する同項の連結親法人及びその各連結子法人の当該特定事業により生じた連結所得のみについて法人税を課するものとした場合に当該連結事業年度において連結欠損金額を生ずることとなるときのその連結欠損金額に相当する金額をいう。第一号において同じ。）若しくは認定連結親法人若しくはその各認定連結子法人に係る軽減対象連結欠損金額（認定連結親法人又はその各認定連結子法人の当該連結事業年度の法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別帰属損金額から同項に規定する個別帰属益金額を控除した金額をいう。以下この項において同じ。）がある場合又は各特定事業に係る第三項に規定する連結所得の金額の合計額と認定連結親法人及びその各認定連結子法人に係る前項に規定する個別所得金額の合計額とを合計した金額（以下この項において「全軽減対象連結所得金額」という。）が当該連結事業年度の連結所得の金額（第一号において「全連結所得金額」という。）を超える場合には、次の各号に掲げる金額は、第三項及び前項の規定にかかわらず、当該各号に定める金額とする。一
当該特定事業（当該特定事業により生じた連結所得の金額を計算する場合に、連結欠損金額が生ずることとなる特定事業（以下この号において「欠損発生特定事業」という。）を除く。第十項第一号において同じ。）に係る法第六十八条の六十三第一項に規定する政令で定める金額 当該全軽減対象連結所得金額から欠損発生特定事業に係る特定事業軽減対象連結欠損金額及び軽減対象連結欠損金額の合計額を控除した金額（当該金額が全連結所得金額を超える場合には、当該全連結所得金額に相当する金額。次号において「調整軽減対象連結所得金額」という。）に当該特定事業に係る第三項に規定する連結所得の金額を乗じてこれを当該全軽減対象連結所得金額で除して計算した金額二
当該認定連結親法人又はその認定連結子法人（軽減対象連結欠損金額に係る認定連結親法人又は認定連結子法人を除く。第十項第二号において同じ。）に係る法第六十八条の六十三第二項に規定する政令で定める金額 当該調整軽減対象連結所得金額に当該認定連結親法人又はその認定連結子法人に係る前項に規定する個別所得金額を乗じてこれを当該全軽減対象連結所得金額で除して計算した金額７
第三項に規定する連結所得の金額、第五項に規定する個別所得金額並びに前項の特定事業軽減対象連結欠損金額、軽減対象連結欠損金額及び全連結所得金額は、法第六十八条の五十七第一項、第六十八条の五十七の二第一項、第六十八条の六十二第一項及び第二項、第六十八条の六十二の二第一項及び第五項、第六十八条の六十三第一項及び第二項、第六十八条の六十三の二第一項及び第五項、第六十八条の六十四第一項、第六十八条の六十五第一項、第六十八条の九十一第三項並びに第六十八条の九十三の三第三項並びに法人税法第八十一条の七第一項、第八十一条の八第一項並びに第八十一条の九第一項及び第四項並びに同法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別益金額又は個別損金額を計算する場合における同法第五十九条第一項から第三項まで、第六十一条の十一第一項、第六十一条の十二第一項、第六十一条の十三第一項（適格合併に該当しない合併による合併法人への資産の移転に係る部分に限る。）、第六十二条第二項、第六十二条の五第二項及び第五項並びに第六十二条の九第一項並びに法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十二年政令第百六号）附則第五条第四項において準用する同条第一項及び第二項の規定を適用せず、かつ、当該連結事業年度において支出した寄附金の全額を損金の額に算入して計算するものとする。８
第三項に規定する連結所得の金額又は第六項に規定する特定事業軽減対象連結欠損金額を計算する場合において、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額のうちに法人税法第二十二条第三項第二号に規定する販売費、一般管理費その他の費用で特定事業に係る所得を生ずべき業務と当該特定事業に係る所得以外の所得を生ずべき業務との双方に関連して生じたものの額（以下この項において「共通費用の額」という。）があるときは、当該共通費用の額は、収入金額、資産の価額その他の基準のうち当該連結親法人又はその連結子法人の行う業務の内容及び費用の性質に照らして合理的と認められる基準により特定事業に係る所得及び当該特定事業に係る所得以外の所得の金額の計算上の損金の額として配分するものとする。９
法第六十八条の六十三第二項に規定する政令で定めるところにより計算した割合は、認定連結親法人又はその認定連結子法人の当該連結事業年度終了の日における経済金融活性化特別地区内において常時使用する従業員（当該認定連結親法人又はその認定連結子法人の役員（法人税法第二条第十五号に規定する役員をいう。以下この項において同じ。）と第三十六条第八項に規定する財務省令で定める特殊の関係のある者及び当該認定連結親法人又はその認定連結子法人の使用人としての職務を有する役員を除く。以下この項において同じ。）の数の当該認定連結親法人又はその認定連結子法人の同日における常時使用する従業員の総数に対する割合とする。１０
法第六十八条の六十三第六項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。一
法第六十八条の六十三第一項の規定の適用を受ける場合 当該特定事業に係る同項に規定する政令で定める金額の百分の四十に相当する金額にイに掲げる金額を乗じてこれをロに掲げる金額で除して計算した金額イ
当該連結親法人又はその連結子法人の当該特定事業により生じた連結所得のみについて法人税を課するものとした場合における当該連結親法人又はその連結子法人の個別所得金額ロ
当該特定事業を行う当該連結親法人及びその各連結子法人のイに掲げる金額の合計額二
法第六十八条の六十三第二項の規定の適用を受ける場合 当該認定連結親法人又はその認定連結子法人に係る同項に規定する政令で定める金額の百分の四十に相当する金額に前項に規定する割合を乗じて計算した金額１１
法第六十八条の六十三第一項の表の各号の中欄に規定する地区若しくは地域又は同条第二項に規定する地区に変更があつた場合には、当該変更により新たにこれらの地区又は地域に該当することとなつた地区に係るこれらの規定の適用については、同条第一項に規定する提出の日又は同条第二項に規定する指定の日は、その新たに該当することとなつた日とする。１２
法第六十八条の六十三第一項又は第二項の規定の適用がある場合における連結利益積立金額又はこれらの規定に規定する連結親法人若しくはその連結子法人の連結個別利益積立金額の計算については、これらの連結親法人又はその連結子法人の第十項の規定により計算した金額は、法人税法施行令第九条の二第一項第一号イに規定する個別所得金額に含まれるものとする。１３
第十項の規定により計算した金額を有する当該連結親法人又はその連結子法人の法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額を計算するときは、第十項の規定により計算した金額は、同条第一項に規定する個別帰属損金額に含まれるものとする。１４
第九項に規定する常時使用する従業員に含まれない者の範囲その他法第六十八条の六十三の規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。出典
法令データ提供システム http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S32/S32SE043.html
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当コンテンツは、よくあるご質問（法令検索内）Q9に基づき、総務省行政管理局：法令データ提供システムのデータを利用して作成されています。