タックスアンサー（国税庁）

[平成27年4月1日現在法令等]

給与所得者等が還付申告をする場合において、未払の給与等があるときは、当該給与等から所得税の源泉徴収が行われないため、源泉所得税が未納付となっています。この場合、給与所得者等が還付申告書を提出したとしても、この未払の給与等に係る源泉所得税(源泉徴収票等に内書された未徴収税額)は、未払給与等が支払われて源泉徴収されるまでは還付されません。
その後、未払の給与等が支払われ、これに対して源泉徴収された場合には、申告者(源泉徴収義務者ではありません。)が遅滞なく「源泉徴収税額の納付届出書」を自身の所轄税務署長に提出し、その還付を受けることとなります。

(所法122、123、138、所令267)

参考: 関連コード

2526 給与が一部未払の場合の源泉徴収

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出典

国税庁ホームページ http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2031.htm

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