第四章 更正及び決定（第百二十九条―第百三十七条）：法人税法
第四章 更正及び決定（第百二十九条―第百三十七条）：法人税法に関する法令（附則を除く）。
法人税法：法令データ提供システム（総務省行政管理局）
第四章 更正及び決定
（更正に関する特例）第百二十九条
内国法人の提出した確定申告書又は連結確定申告書に記載された各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額が当該事業年度又は連結事業年度の課税標準とされるべき所得の金額又は連結所得の金額を超えている場合において、その超える金額のうちに事実を仮装して経理したところに基づくものがあるときは、税務署長は、当該事業年度の所得に対する法人税又は連結事業年度の連結所得に対する法人税につき、当該事実を仮装して経理した内国法人が当該事業年度又は連結事業年度後の各事業年度又は各連結事業年度において当該事実に係る修正の経理をし、かつ、当該修正の経理をした事業年度の確定申告書又は連結事業年度の連結確定申告書を提出するまでの間は、更正をしないことができる。２
税務署長が第百三十五条第一項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例）の更正をする場合における国税通則法第二十八条第二項（更正通知書の記載事項）の規定の適用については、同項第三号中「次に掲げる金額」とあるのは、「次に掲げる金額及びニ又はホに掲げる金額のうち法人税法第百三十五条第一項又は第二項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例）の規定の適用がある金額」とする。（青色申告書等に係る更正）第百三十条
税務署長は、内国法人の提出した青色申告書又は連結確定申告書等（連結中間申告書、連結確定申告書又はこれらの申告書に係る修正申告書をいう。以下この条において同じ。）に係る法人税の課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の更正をする場合には、その内国法人の帳簿書類（当該連結確定申告書等に係る法人税の課税標準又は連結欠損金額の更正をする場合にあつては、連結子法人の帳簿書類を含む。）を調査し、その調査により当該青色申告書又は連結確定申告書等に係る法人税の課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り、これをすることができる。ただし、当該青色申告書又は連結確定申告書等及びこれらに添付された書類に記載された事項によつて、当該課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の計算がこの法律の規定に従つていないことその他その計算に誤りがあることが明らかである場合は、その帳簿書類を調査しないでその更正をすることを妨げない。２
税務署長は、内国法人の提出した青色申告書又は連結確定申告書等に係る法人税の課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の更正をする場合には、その更正に係る国税通則法第二十八条第二項（更正通知書の記載事項）に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない。（推計による更正又は決定）第百三十一条
税務署長は、内国法人に係る法人税につき更正又は決定をする場合には、内国法人の提出した青色申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合を除き、その内国法人（各連結事業年度の連結所得に対する法人税につき更正又は決定をする場合にあつては、連結子法人を含む。）の財産若しくは債務の増減の状況、収入若しくは支出の状況又は生産量、販売量その他の取扱量、従業員数その他事業の規模によりその内国法人に係る法人税の課税標準（更正をする場合にあつては、課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額）を推計して、これをすることができる。（同族会社等の行為又は計算の否認）第百三十二条
税務署長は、次に掲げる法人に係る法人税につき更正又は決定をする場合において、その法人の行為又は計算で、これを容認した場合には法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる。一
内国法人である同族会社二
イからハまでのいずれにも該当する内国法人イ
三以上の支店、工場その他の事業所を有すること。ロ
その事業所の二分の一以上に当たる事業所につき、その事業所の所長、主任その他のその事業所に係る事業の主宰者又は当該主宰者の親族その他の当該主宰者と政令で定める特殊の関係のある個人（以下この号において「所長等」という。）が前に当該事業所において個人として事業を営んでいた事実があること。ハ
ロに規定する事実がある事業所の所長等の有するその内国法人の株式又は出資の数又は金額の合計額がその内国法人の発行済株式又は出資（その内国法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の総数又は総額の三分の二以上に相当すること。２
前項の場合において、内国法人が同項各号に掲げる法人に該当するかどうかの判定は、同項に規定する行為又は計算の事実のあつた時の現況によるものとする。３
第一項の規定は、同項に規定する更正又は決定をする場合において、同項各号に掲げる法人の行為又は計算につき、所得税法第百五十七条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）若しくは相続税法第六十四条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）又は地価税法（平成三年法律第六十九号）第三十二条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）の規定の適用があつたときについて準用する。（組織再編成に係る行為又は計算の否認）第百三十二条の二
税務署長は、合併、分割、現物出資若しくは現物分配（第二条第十二号の六（定義）に規定する現物分配をいう。）又は株式交換若しくは株式移転（以下この条において「合併等」という。）に係る次に掲げる法人の法人税につき更正又は決定をする場合において、その法人の行為又は計算で、これを容認した場合には、合併等により移転する資産及び負債の譲渡に係る利益の額の減少又は損失の額の増加、法人税の額から控除する金額の増加、第一号又は第二号に掲げる法人の株式（出資を含む。第二号において同じ。）の譲渡に係る利益の額の減少又は損失の額の増加、みなし配当金額（第二十四条第一項（配当等の額とみなす金額）の規定により第二十三条第一項第一号又は第二号（受取配当等の益金不算入）に掲げる金額とみなされる金額をいう。）の減少その他の事由により法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる。一
合併等をした法人又は合併等により資産及び負債の移転を受けた法人二
合併等により交付された株式を発行した法人（前号に掲げる法人を除く。）三
前二号に掲げる法人の株主等である法人（前二号に掲げる法人を除く。）（連結法人に係る行為又は計算の否認）第百三十二条の三
税務署長は、連結法人の各連結事業年度の連結所得に対する法人税又は各事業年度の所得に対する法人税につき更正又は決定をする場合において、その連結法人の行為又は計算で、これを容認した場合には、当該各連結事業年度の連結所得の金額又は当該各事業年度の所得の金額から控除する金額の増加、これらの法人税の額から控除する金額の増加、連結法人間の資産の譲渡に係る利益の額の減少又は損失の額の増加その他の事由により法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その連結法人に係るこれらの法人税の課税標準若しくは欠損金額若しくは連結欠損金額又はこれらの法人税の額を計算することができる。（確定申告又は連結確定申告に係る更正等による所得税額等の還付）第百三十三条
内国法人の提出した確定申告書又は連結確定申告書に係る法人税につき更正（当該法人税についての更正の請求（国税通則法第二十三条第一項（更正の請求）の規定による更正の請求をいう。次項及び次条において同じ。）に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び次項において「更正等」という。）があつた場合において、その更正等により第七十四条第一項第三号（所得税額等の控除不足額）又は第八十一条の二十二第一項第三号（連結確定申告書に係る所得税額等の控除不足額）に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その内国法人に対し、その増加した部分の金額に相当する税額を還付する。２
前項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、前項の更正等の日の翌日以後一月を経過した日（当該更正等が更正の請求に基づく更正である場合及び更正の請求に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決である場合には、その更正の請求の日の翌日以後三月を経過した日と当該更正等の日の翌日以後一月を経過した日とのいずれか早い日）からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。３
第一項の規定による還付金を同項の確定申告書に係る事業年度の所得に対する法人税又は同項の連結確定申告書に係る連結事業年度の連結所得に対する法人税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の法人税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。４
前二項に定めるもののほか、第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。（確定申告又は連結確定申告に係る更正等又は決定による中間納付額の還付）第百三十四条
中間申告書又は連結中間申告書を提出した内国法人である普通法人のその中間申告書に係る事業年度の法人税又は連結中間申告書に係る連結事業年度の法人税につき国税通則法第二十五条（決定）の規定による決定があつた場合において、その決定に係る第七十四条第一項第五号（中間納付額の控除不足額）又は第八十一条の二十二第一項第五号（中間納付額の控除不足額）に掲げる金額があるときは、税務署長は、その普通法人に対し、当該金額に相当する中間納付額を還付する。２
中間申告書又は連結中間申告書を提出した内国法人である普通法人のその中間申告書に係る事業年度の法人税又は連結中間申告書に係る連結事業年度の法人税につき更正（当該法人税についての処分等（更正の請求に対する処分又は国税通則法第二十五条の規定による決定をいう。）に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び第四項第二号において「更正等」という。）があつた場合において、その更正等により第七十四条第一項第五号又は第八十一条の二十二第一項第五号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その普通法人に対し、その増加した部分の金額に相当する中間納付額を還付する。３
税務署長は、前二項の規定による還付金の還付をする場合において、これらの規定に規定する中間申告書又は連結中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、これらの規定により還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。４
第一項又は第二項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、第一項又は第二項の規定により還付すべき中間納付額の納付の日（その中間納付額がその納期限前に納付された場合には、その納期限）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日。第二号ロにおいて「充当日」という。）までの期間とする。ただし、次の各号に掲げる還付金の区分に応じ当該各号に定める日数は、当該期間に算入しない。一
第一項の規定による還付金 同項に規定する事業年度の第七十四条第一項の規定による申告書又は第一項に規定する連結事業年度の第八十一条の二十二第一項の規定による申告書の提出期限（その提出期限後にその中間納付額が納付された場合には、その納付の日）の翌日から第一項の決定の日までの日数二
第二項の規定による還付金 同項に規定する事業年度の第七十四条第一項の規定による申告書又は第二項に規定する連結事業年度の第八十一条の二十二第一項の規定による申告書の提出期限（その提出期限後にその中間納付額が納付された場合には、その納付の日）の翌日から次に掲げる日のうちいずれか早い日までの日数イ
第二項の更正等の日の翌日以後一月を経過する日（当該更正等が次に掲げるものである場合には、それぞれ次に定める日）（１）
更正の請求に基づく更正（当該請求に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。（１）において同じ。） 当該請求の日の翌日以後三月を経過する日と当該請求に基づく更正の日の翌日以後一月を経過する日とのいずれか早い日（２）
国税通則法第二十五条の規定による決定に係る更正（当該決定に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含み、更正の請求に基づく更正及び第二項に規定する事業年度の所得の金額又は同項に規定する連結事業年度の連結所得の金額の計算の基礎となつた事実のうちに含まれていた無効な行為により生じた経済的成果がその行為の無効であることに基因して失われたこと、当該事実のうちに含まれていた取り消しうべき行為が取り消されたことその他これらに準ずる政令で定める理由に基づき行われた更正を除く。） 当該決定の日ロ
その還付のための支払決定をする日又はその還付金に係る充当日５
第一項又は第二項の規定による還付金をその額の計算の基礎とされた中間納付額に係る事業年度の所得に対する法人税又は連結事業年度の連結所得に対する法人税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の法人税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。６
第三項の規定による還付金については、還付加算金は、付さない。７
前三項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他第一項から第三項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例）第百三十五条
内国法人の提出した確定申告書又は連結確定申告書に記載された各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額が当該事業年度又は連結事業年度の課税標準とされるべき所得の金額又は連結所得の金額を超え、かつ、その超える金額のうちに事実を仮装して経理したところに基づくものがある場合において、税務署長が当該事業年度の所得に対する法人税又は当該連結事業年度の連結所得に対する法人税につき更正をしたとき（当該内国法人（当該内国法人が連結親法人である場合には、その事実を仮装して経理したところに基づく金額を有する連結法人。以下この項において同じ。）につき当該事業年度又は連結事業年度終了の日から当該更正の日の前日までの間に第三項各号又は第四項各号に掲げる事実が生じたとき及び当該内国法人を被合併法人とする単体間適格合併（連結法人以外の法人が当該法人を被合併法人とし、連結法人以外の他の法人を合併法人とする適格合併を行う場合の当該適格合併をいう。以下第三項までにおいて同じ。）又は連結内適格合併（連結子法人が当該連結子法人を被合併法人とし、当該連結子法人との間に連結完全支配関係がある他の連結法人を合併法人とする適格合併を行う場合の当該適格合併をいう。以下第三項までにおいて同じ。）に係る合併法人につき当該単体間適格合併又は連結内適格合併の日から当該更正の日の前日までの間に当該事実が生じたときを除く。）は、当該事業年度の所得に対する法人税又は当該連結事業年度の連結所得に対する法人税として納付された金額で政令で定めるもののうち当該更正により減少する部分の金額でその仮装して経理した金額に係るもの（以下この条において「仮装経理法人税額」という。）は、次項、第三項又は第七項の規定の適用がある場合のこれらの規定による還付金の額を除き、還付しない。２
前項に規定する場合において、同項の内国法人（当該内国法人が同項の更正の日の前日までに単体間適格合併又は連結内適格合併により解散をした場合には、当該単体間適格合併又は連結内適格合併に係る合併法人。以下この項において同じ。）の前項の更正の日の属する事業年度（連結子法人が第四条の五第一項又は第二項（第四号及び第五号に係る部分に限る。）（連結納税の承認の取消し等）の規定により第四条の二（連結納税義務者）の承認を取り消された場合（第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度開始の日にその承認を取り消された場合を除く。）のその取り消された日の前日の属する事業年度（次項において「取消前事業年度」という。）を除く。）開始の日前一年以内に開始する各事業年度の所得に対する法人税又は当該更正の日の属する第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日前一年以内に開始する各連結事業年度の連結所得に対する法人税の額（附帯税の額を除く。）で当該更正の日の前日において確定しているもの（以下この項において「確定法人税額」という。）があるときは、税務署長は、その内国法人に対し、当該更正に係る仮装経理法人税額のうち当該確定法人税額（既にこの項の規定により還付をすべき金額の計算の基礎となつたものを除く。）に達するまでの金額を還付する。３
第一項の規定の適用があつた内国法人（当該内国法人が単体間適格合併又は連結内適格合併により解散をした場合には当該単体間適格合併又は連結内適格合併に係る合併法人とし、当該内国法人が連結親法人である場合には同項の事実を仮装して経理したところに基づく金額を有する連結法人（当該連結法人が連結内適格合併により解散をした場合には、当該連結内適格合併に係る合併法人）とする。以下この条において「適用法人」という。）について、同項の更正の日の属する事業年度（取消前事業年度を除く。）開始の日（当該更正が当該単体間適格合併に係る被合併法人の各事業年度の所得に対する法人税について当該単体間適格合併の日前にされたものである場合には、当該被合併法人の当該更正の日の属する事業年度開始の日）から五年を経過する日の属する事業年度の第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限又は当該更正の日の属する第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日から五年を経過する日の属する連結事業年度の第八十一条の二十二第一項（連結確定申告）の規定による申告書の提出期限（当該更正の日から当該五年を経過する日の属する事業年度又は当該五年を経過する日の属する連結事業年度終了の日までの間に当該適用法人につき次の各号に掲げる事実が生じたときは、当該各号に定める提出期限。以下この項及び第八項において「最終申告期限」という。）が到来した場合（当該最終申告期限までに当該最終申告期限に係る申告書の提出がなかつた場合にあつては、当該申告書に係る期限後申告書の提出又は当該申告書に係る事業年度若しくは連結事業年度の法人税についての決定があつた場合）には、税務署長は、当該適用法人（当該適用法人が連結子法人である場合には、当該適用法人に係る連結親法人）に対し、当該更正に係る仮装経理法人税額（既に前項、この項又は第七項の規定により還付すべきこととなつた金額及び第七十条（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除）又は第八十一条の十六（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の連結事業年度における控除）の規定により控除された金額を除く。）を還付する。一
残余財産（連結法人の残余財産を除く。）が確定したこと その残余財産の確定の日の属する事業年度の第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限二
合併による解散（連結法人の解散及び単体間適格合併による解散を除く。）をしたこと その合併の日の前日の属する事業年度の第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限三
破産手続開始の決定による解散（連結法人の解散を除く。）をしたこと その破産手続開始の決定の日の属する事業年度の第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限四
第四条の二の承認を受けたこと その承認に係る第十五条の二第一項に規定する最初連結事業年度開始の日の前日の属する事業年度の第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限又は当該前日の属する連結事業年度の第八十一条の二十二第一項の規定による申告書の提出期限五
第四条の五第一項又は第二項の規定により第四条の二の承認を取り消されたこと（連結内適格合併による解散に基因してその承認を取り消された場合を除く。） その取り消された日の前日の属する事業年度の第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限又は当該前日の属する連結事業年度の第八十一条の二十二第一項の規定による申告書の提出期限六
第四条の五第三項の承認を受けたこと その承認を受けた日の属する連結事業年度の第八十一条の二十二第一項の規定による申告書の提出期限七
普通法人又は協同組合等（連結法人を除く。）が公益法人等に該当することとなつたこと その該当することとなつた日の前日の属する事業年度の第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限４
適用法人につき次に掲げる事実が生じた場合には、当該適用法人（当該適用法人が連結子法人である場合には、当該適用法人に係る連結親法人。第六項及び第七項において同じ。）は、当該事実が生じた日以後一年以内に、納税地の所轄税務署長に対し、その適用に係る仮装経理法人税額（既に前二項又は第七項の規定により還付されるべきこととなつた金額及び第七十条又は第八十一条の十六の規定により控除された金額を除く。第六項及び第七項において同じ。）の還付を請求することができる。一
更生手続開始の決定があつたこと。二
再生手続開始の決定があつたこと。三
前二号に掲げる事実に準ずる事実として政令で定める事実５
内国法人につきその各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額を減少させる更正で当該内国法人の当該各事業年度若しくは各連結事業年度開始の日前に終了した事業年度の所得に対する法人税又は当該各事業年度若しくは各連結事業年度開始の日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税についてされた更正（当該内国法人を合併法人とする適格合併に係る被合併法人の当該適格合併の日前に終了した事業年度の所得に対する法人税又は同日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税についてされた更正を含む。以下この項において「原更正」という。）に伴うもの（以下この項において「反射的更正」という。）があつた場合において、当該反射的更正により減少する部分の所得の金額又は連結所得の金額のうちに当該原更正に係る事業年度又は連結事業年度においてその事実を仮装して経理した金額に係るものがあるときは、当該金額は、当該各事業年度又は各連結事業年度において当該内国法人が仮装して経理したところに基づく金額とみなして、前各項の規定を適用する。６
第四項の規定による還付の請求をしようとする適用法人は、その還付を受けようとする仮装経理法人税額、その計算の基礎その他財務省令で定める事項を記載した還付請求書を納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。７
税務署長は、前項の還付請求書の提出があつた場合には、その請求に係る事実その他必要な事項について調査し、その調査したところにより、その請求をした適用法人に対し、仮装経理法人税額を還付し、又は請求の理由がない旨を書面により通知する。８
第二項、第三項又は前項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、第一項の更正の日の翌日以後一月を経過した日（第三項の規定による還付金にあつては同項の最終申告期限（同項の期限後申告書の提出があつた場合にはその提出の日とし、同項の決定があつた場合にはその決定の日とする。）の翌日とし、前項の規定による還付金にあつては第四項の規定による還付の請求がされた日の翌日以後三月を経過した日とする。）からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。９
第一項の場合において、同項の更正により第七十四条第一項第五号又は第八十一条の二十二第一項第五号に掲げる金額が増加したときは、その増加した部分の金額のうち当該更正に係る仮装経理法人税額に達するまでの金額については、前条第二項の規定は、適用しない。ただし、同条第三項に規定する延滞税がある場合における同項の規定の適用については、この限りでない。第百三十六条
削除第百三十七条
削除出典
法令データ提供システム http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S40/S40HO034.html
税目別に法令を調べる
当コンテンツは、よくあるご質問（法令検索内）Q9に基づき、総務省行政管理局：法令データ提供システムのデータを利用して作成されています。