第六節 収用等の場合の課税の特例（第三十九条―第三十九条の三）：租税特別措置法施行令
第六節 収用等の場合の課税の特例（第三十九条―第三十九条の三）：租税特別措置法施行令に関する法令（附則を除く）。
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第六節 収用等の場合の課税の特例
（収用等に伴い代替資産を取得した場合等の課税の特例）第三十九条
法第六十四条第一項の規定により補償金、対価又は清算金の額から控除する同項に規定する政令で定める金額は、同項に規定する収用等（以下この条において「収用等」という。）により譲渡（消滅及び価値の減少を含む。以下第三十九条の三までにおいて同じ。）をした資産（以下この条において「譲渡資産」という。）の譲渡に要した経費の金額の合計額が、当該収用等に際し譲渡に要する経費に充てるべきものとして交付を受けた金額の合計額を超える場合におけるその超える金額のうち、当該譲渡資産に係るものとして財務省令で定めるところにより計算した金額とする。２
法第六十四条第一項に規定する代替資産（以下この条において「代替資産」という。）は、同項各号の場合の区分に応じ、次に掲げる資産とする。一
法第六十四条第一項第一号、第二号、第三号の二又は第三号の三の場合にあつては、譲渡資産が土地又は土地の上に存する権利、建物（その附属設備を含む。）又は建物に附属する財務省令で定める構築物、当該構築物以外の構築物、その他の資産の区分のいずれに属するかに応じ、それぞれこれらの区分に属する資産（譲渡資産がその他の資産の区分に属するものである場合には、当該資産と種類及び用途を同じくする資産）二
法第六十四条第一項第三号又は第三号の四から第四号までの場合にあつては、譲渡資産が当該各号に規定する資産の区分のいずれに属するかに応じ、それぞれ当該各号に規定する資産三
法第六十四条第一項第五号から第七号までの場合にあつては、当該譲渡資産と同種の権利（当該譲渡資産が内水面に係る漁業権である場合には、当該漁業権を有していた漁業協同組合又は漁業協同組合連合会がその行う水産動植物の増殖に関する事業に関し設置する基金の運用資産として取得する法人税法第二条第二十一号に規定する有価証券（以下この章において「有価証券」という。）を含む。）四
法第六十四条第一項第八号の場合にあつては、譲渡資産が第一号又は前号に規定する譲渡資産の区分のいずれに属するかに応じ、それぞれこれらの区分に属する資産３
譲渡資産が前項第一号に規定する区分（その他の資産の区分を除く。）の異なる二以上の資産で一の効用を有する一組の資産となつているものである場合には、同号の規定にかかわらず、財務省令で定めるところにより、その効用と同じ効用を有する他の資産をもつて当該譲渡資産の全てに係る代替資産とすることができる。４
譲渡資産の譲渡をした法人が、その事業の用に供するため、当該譲渡資産に係る前二項の代替資産に該当する資産以外の資産（当該事業の用に供する減価償却資産、土地及び土地の上に存する権利に限る。）の取得（製作及び建設を含む。以下この条において同じ。）をする場合には、前二項の規定にかかわらず、当該資産をもつて当該譲渡資産の代替資産とすることができる。５
法第六十四条第一項第一号、第二号及び第五号に規定する政令で定める場合は、都市再開発法による第二種市街地再開発事業（その施行者が同法第五十条の二第三項に規定する再開発会社（第八項、第十六項及び第十八項第一号において「再開発会社」という。）であるものに限る。）の施行に伴い、当該再開発会社の株主又は社員である者が、資産又は資産に関して有する所有権以外の権利が収用され、買い取られ、又は消滅し、補償金又は対価を取得する場合とする。６
法第六十四条第一項第三号に規定する政令で定める場合は、土地区画整理法による土地区画整理事業（その施行者が同法第五十一条の九第五項に規定する区画整理会社（第十八項第二号において「区画整理会社」という。）であるものに限る。）の施行に伴い、当該区画整理会社の株主又は社員である者が、その有する土地等につき当該土地等に係る換地処分により同法第九十四条の規定による清算金（同法第九十五条第六項の規定により換地を定められなかつたことにより取得するものに限る。）を取得する場合とする。７
法第六十四条第一項第三号の二に規定するやむを得ない事情により都市再開発法第七十一条第一項の申出をしたと認められる場合として政令で定める場合は、同号の第一種市街地再開発事業の施行者が、次に掲げる場合のいずれかに該当するものとして同法第七条の十九第一項、第四十三条第一項若しくは第五十条の十四第一項の審査委員の過半数の同意を得、又は同法第五十七条第一項若しくは第五十九条第一項の市街地再開発審査会の議決を経て認めた場合とする。この場合において、当該市街地再開発審査会の議決については、同法第七十九条第二項後段の規定を準用する。一
都市再開発法第七十一条第一項の申出をした者（以下この項において「申出人」という。）の当該権利変換に係る建築物が都市計画法第八条第一項第一号又は第二号の地域地区による用途の制限につき建築基準法第三条第二項の規定の適用を受けるものである場合二
申出人が当該権利変換に係る都市再開発法第二条第三号に規定する施行地区内において同条第六号に規定する施設建築物（以下この項において「施設建築物」という。）の保安上危険であり、又は衛生上有害である事業を営んでいる場合三
申出人が前号の施行地区内において施設建築物に居住する者の生活又は施設建築物内における事業に対し著しい支障を与える事業を営んでいる場合四
前三号に掲げる場合のほか、施設建築物の構造、配置設計、用途構成、環境又は利用状況につき申出人が従前の事業を継続することを困難又は不適当とする事情がある場合８
法第六十四条第一項第三号の二に規定する補償金を取得するときから除かれる同号に規定する政令で定める場合及び同項第六号に規定する政令で定める場合は、資産につき都市再開発法による第一種市街地再開発事業（その施行者が再開発会社であるものに限る。）が施行された場合において、当該再開発会社の株主又は社員である者が、当該資産に係る権利変換により、又は当該資産に関して有する権利で権利変換により新たな権利に変換をすることのないものが消滅したことにより、同法第九十一条の規定による補償金を取得するときとする。９
法第六十四条第一項第三号の三に規定する政令で定める規定は、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律施行令第四十三条の規定により読み替えられた密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第二百十二条第三項の規定とする。１０
法第六十四条第一項第三号の三に規定するやむを得ない事情により密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第二百三条第一項の申出をしたと認められる場合として政令で定める場合は、同号の防災街区整備事業の施行者が、次に掲げる場合のいずれか（同項の申出をした者が同法第二百二条第二項各号に掲げる要件の全てを満たす場合には、第一号に掲げる場合に限る。）に該当するものとして、同法第百三十一条第一項、第百六十一条第一項若しくは第百七十七条第一項の審査委員の過半数の同意を得て、又は同法第百八十七条第一項若しくは第百九十条第一項の防災街区整備審査会の議決を経て、認めた場合とする。この場合において、当該防災街区整備審査会の議決については、同法第二百十二条第二項後段の規定を準用する。一
密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第二百三条第一項の申出をした者（以下この項において「申出人」という。）の当該権利変換に係る建築物が都市計画法第八条第一項第一号又は第二号の地域地区による用途の制限につき建築基準法第三条第二項の規定の適用を受けるものである場合二
申出人が当該権利変換に係る密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第百十七条第二号に規定する施行地区内において同条第五号に規定する防災施設建築物（以下この項において「防災施設建築物」という。）の保安上危険であり、又は衛生上有害である事業を営んでいる場合三
申出人が前号の施行地区内において防災施設建築物に居住する者の生活又は防災施設建築物内における事業に対し著しい支障を与える事業を営んでいる場合四
前三号に掲げる場合のほか、防災施設建築物の構造、配置設計、用途構成、環境又は利用状況につき申出人が従前の事業を継続することを困難又は不適当とする事情がある場合１１
法第六十四条第一項第三号の三に規定する補償金を取得するときから除かれる同号に規定する政令で定める場合及び同項第六号の二に規定する政令で定める場合は、資産につき密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律による防災街区整備事業（その施行者が同法第百六十五条第三項に規定する事業会社であるものに限る。）が施行された場合において、当該事業会社の株主又は社員である者が、当該資産に係る権利変換により、又は当該資産に関して有する権利で権利変換により新たな権利に変換をすることのないものが消滅したことにより、同法第二百二十六条の規定による補償金を取得するときとする。１２
法第六十四条第一項第七号に規定する地方公共団体の設立に係る団体で政令で定めるものは、その出資金額又は拠出された金額の全額が地方公共団体により出資又は拠出をされている法人とする。１３
法第六十四条第一項第八号に規定する政令で定める法令の規定は、港湾法第四十一条第一項、鉱業法第五十三条（同法第八十七条において準用する場合を含む。）、海岸法第二十二条第一項、水道法第四十二条第一項又は電気通信事業法第百四十一条第五項とする。１４
法第六十四条第二項に規定する同項第二号の土地の上にある資産のうちその補償金に対応するものとして政令で定める部分は、当該資産のうち、当該資産に係る同号に規定する補償金の額が当該資産の価額のうちに占める割合に相当する部分とする。１５
法第六十四条第二項第一号に規定する土地等の価値が著しく減少する場合として政令で定める場合は、法人税法施行令第百三十八条第一項の規定に該当する場合とする。１６
法第六十四条第二項第一号に規定する土地等の価値が著しく減少する場合から除かれる同号に規定する政令で定める場合は、都市再開発法による第二種市街地再開発事業（その施行者が再開発会社であるものに限る。）の施行に伴い、同条第一項第三号に規定する土地等（以下この項及び第十八項において「土地等」という。）が使用され、補償金を取得する場合（土地等について使用の申出を拒むときは都市計画法第六十九条の規定により適用される土地収用法の規定に基づいて使用されることとなる場合において、当該土地等が契約により使用され、対価を取得するときを含む。）において、当該再開発会社の株主又は社員の有する土地等が使用され、補償金又は対価を取得するときとする。１７
法第六十四条第二項第二号に規定する資産の対価又は資産の損失に対する補償金で政令で定めるものは、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める対価又は補償金とする。一
法第六十四条第二項第二号に規定する土地の上にある資産について同号に規定する土地収用法等の規定に基づき収用の請求をしたときは収用されることとなる場合において、当該資産が買い取られ、対価を取得するとき 当該資産の対価二
法第六十四条第二項第二号に規定する土地の上にある資産について同号の取壊し又は除去をしなければならなくなつた場合において、当該資産の損失に対する補償金を取得するとき 当該資産の損失につき土地収用法第八十八条、河川法第二十二条第三項、水防法第二十八条第二項、土地改良法第百十九条、道路法第六十九条第一項、土地区画整理法第七十八条第一項（大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第七十一条及び新都市基盤整備法第二十九条において準用する場合を含む。）、都市再開発法第九十七条第一項、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第二百三十二条第一項、建築基準法第十一条第一項、港湾法第四十一条第三項又は大深度地下の公共的使用に関する特別措置法第三十二条第一項の規定により受けた補償金その他これに相当する補償金１８
法第六十四条第二項第二号に規定する政令で定める場合は、次に掲げる場合とする。一
都市再開発法による市街地再開発事業（その施行者が再開発会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が収用され、又は買い取られることとなつたことにより、その土地の上にある当該再開発会社の株主又は社員（同法第七十三条第一項第二号又は第百十八条の七第一項第二号に規定する者を除く。）の有する資産につき、収用をし、又は取壊し若しくは除去をしなければならなくなつた場合において、当該資産の対価又は当該資産の損失につき補償金を取得するとき。二
土地区画整理法による土地区画整理事業（その施行者が区画整理会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が買い取られることとなつたことにより、その土地の上にある当該区画整理会社の株主又は社員（換地処分により土地等又は同法第九十三条第四項若しくは第五項に規定する建築物の一部及びその建築物の存する土地の共有持分を取得する者を除く。）の有する資産につき、取壊し又は除去をしなければならなくなつた場合において、当該資産の損失につき補償金を取得するとき。三
密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律による防災街区整備事業（その施行者が同法第百六十五条第三項に規定する事業会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が買い取られることとなつたことにより、その土地の上にある当該事業会社の株主又は社員（同法第二百五条第一項第二号及び第七号に規定する者を除く。）の有する資産につき、取壊し又は除去をしなければならなくなつた場合において、当該資産の損失につき補償金を取得するとき。１９
法第六十四条の二第一項に規定する政令で定める場合及び同条第二項に規定する政令で定めるときは、次の各号に掲げる場合とし、同条第一項に規定する政令で定める日及び同条第二項に規定する政令で定める日は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める日とする。一
収用等に係る事業の全部又は一部が完了しないため、当該収用等のあつた日以後二年を経過する日までにイ又はロに掲げる資産を代替資産として取得をすることが困難であり、かつ、当該事業の全部又は一部の完了後において当該資産の取得をすることが確実であると認められる場合 それぞれイ又はロに定める日イ
当該収用等に係る事業の施行された地区内にある土地又は当該土地の上に存する権利（当該事業の施行者の指導又はあつせんにより取得するものに限る。）当該収用等があつた日から四年を経過する日（同日前に当該土地又は土地の上に存する権利の取得をすることができると認められる場合には、当該取得をすることができると認められる日とし、当該収用等に係る事業の全部又は一部が完了しないことにより当該四年を経過する日までに当該取得をすることが困難であると認められる場合において財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の承認を受けたときは、同日から四年を経過する日までの期間内の日で当該取得をすることができる日として当該税務署長が認定した日とする。）から六月を経過する日ロ
当該収用等に係る事業の施行された地区内にある土地又は当該土地の上に存する権利を有する場合に当該土地又は当該権利の目的物である土地の上に建設する建物又は構築物 当該収用等があつた日から四年を経過する日（同日前に当該土地又は当該権利の目的物である土地を当該建物又は構築物の敷地の用に供することができると認められる場合には、当該敷地の用に供することができると認められる日とし、当該収用等に係る事業の全部又は一部が完了しないことにより当該四年を経過する日までに当該敷地の用に供することが困難であると認められる場合において財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の承認を受けたときは、同日から四年を経過する日までの期間内の日で当該敷地の用に供することができる日として当該税務署長が認定した日とする。）から六月を経過する日二
収用等に係る譲渡資産が内水面に係る漁業権であり、かつ、当該漁業権を有していた漁業協同組合又は漁業協同組合連合会が代替資産として水産動植物の増殖に関する事業を実施するために必要な土地若しくは土地の上に存する権利又は減価償却資産（以下この項及び次項において「増殖施設」という。）の取得をする場合において、収用等に係る事業又は生態影響調査（当該事業の全部又は一部の完了後において行われる内水面に係る河川、湖沼等の水質、流量等の変化の水産動植物の生態に与える影響に関する調査をいう。以下この項及び次項において同じ。）の全部又は一部が完了しないため、当該収用等のあつた日以後二年を経過する日までに当該増殖施設の取得をすることが困難であり、かつ、当該収用等に係る事業又は生態影響調査の全部又は一部の完了後において当該増殖施設の取得をすることが確実であると認められるとき 当該収用等があつた日から四年を経過する日（同日前に当該増殖施設の取得をすることができると認められる場合には、当該取得をすることができると認められる日とし、当該収用等に係る事業又は当該生態影響調査の全部又は一部が完了しないことにより当該四年を経過する日までに当該取得をすることが困難であると認められる場合において財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の承認を受けたときは、当該取得をすることができる日として当該税務署長が認定した日（当該四年を経過する日から同日以後八年を経過する日までの期間内の日に限る。）とする。）から六月を経過する日三
収用等のあつたことに伴い、工場、事務所その他の建物、構築物又は機械及び装置（以下この号において「工場等」という。）の建設又は移転を要することとなつた場合において、当該工場等の敷地の用に供するための宅地の造成並びに当該工場等の建設及び移転に要する期間が通常二年を超えるため、当該収用等のあつた日以後二年を経過する日までに当該工場等又は当該工場等の敷地の用に供する土地その他の当該工場等に係る資産を代替資産として取得をすることが困難であり、かつ、当該収用等のあつた日から三年を経過する日までに当該資産の取得をすることが確実であると認められるとき 当該資産の取得をすることができることとなると認められる日２０
前項第二号に掲げる場合（第三十九条の九十九第五項第二号に掲げる場合を含む。）において、前項第二号に規定する税務署長が認定した日（同条第五項第二号に掲げる場合にあつては、同号に規定する税務署長が認定した日）が当該収用等があつた日から八年を経過する日を含む事業年度（当該経過する日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）終了の日後であり、かつ、同日までにこれらの認定に係る増殖施設の取得をしていないときは、これらの認定を受けた漁業協同組合又は漁業協同組合連合会は、同日を含む事業年度の法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書に当該収用等に係る事業の施行の状況、当該生態影響調査の実施の状況、当該増殖施設の取得をすることができると見込まれる日その他参考となるべき事項を記載した書面を添付しなければならない。２１
法第六十四条の二第一項に規定する政令で定めるときは、同項に規定する収用等のあつた日を含む事業年度終了の日後に同項の法人が被合併法人、分割法人又は現物出資法人となる適格合併、適格分割又は適格現物出資を行う場合において、当該適格合併、適格分割又は適格現物出資に係る合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人が同項に規定する指定期間内に同項に規定する補償金、対価又は清算金の額の一部に相当する金額をもつて代替資産の取得をする見込みであるときとする。２２
法第六十四条の二第四項の規定を適用する場合において、同項第二号に定める金額の計算の基礎となる同号に規定する特別勘定の金額が連結事業年度において設けた法第六十八条の七十一第一項の特別勘定の金額であるときは、同号に規定する指定期間は、同項に規定する指定期間とする。２３
法第六十四条の二第七項に規定する政令で定める場合は、次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する政令で定める期間は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める期間とする。一
法第六十四条の二第七項に規定する特別勘定の金額が同条第四項の規定により引継ぎを受けた同項各号に定める特別勘定の金額である場合 当該引継ぎを受けた日から同条第一項に規定する指定期間の末日までの期間二
法第六十四条の二第七項に規定する特別勘定の金額が法第六十八条の七十一第五項の規定により引継ぎを受けた同項各号に定める特別勘定の金額である場合 当該引継ぎを受けた日から同条第一項に規定する指定期間の末日までの期間三
法第六十四条の二第七項に規定する特別勘定の金額が同条第四項の規定により引継ぎを受けた同項第二号に定める期中特別勘定の金額である場合 同条第二項に規定する期間四
法第六十四条の二第七項に規定する特別勘定の金額が法第六十八条の七十一第五項の規定により引継ぎを受けた同項第二号に定める期中特別勘定の金額である場合 同条第三項に規定する期間五
法第六十四条の二第七項に規定する特別勘定の金額が連結事業年度において設けた法第六十八条の七十一第一項の特別勘定の金額である場合 同項に規定する指定期間２４
法人が法第六十四条の二第一項の特別勘定（連結事業年度において設けた法第六十八条の七十一第一項の特別勘定を含む。）を設けている場合において、第十九項各号に掲げる場合に該当するときは、当該法人については、法第六十四条の二第七項又は第八項に規定する代替資産は、当該各号に規定する代替資産に該当する資産とする。２５
法第六十四条の二第十項に規定する政令で定める金額は、千万円とする。２６
法第六十四条の二第十項に規定する法人が同項に規定する連結開始直前事業年度終了の時に同項に規定する特別勘定の金額を有する場合において、当該特別勘定の金額が法人税法施行令第十四条の八第四号ロからニまでに掲げる特別勘定の金額に該当するときは、当該特別勘定の金額については、同項の規定は、適用しない。２７
法第六十四条の二第十一項に規定する政令で定める金額は、千万円とする。２８
法第六十四条第一項若しくは第八項又は第六十四条の二第一項若しくは第二項の規定を適用する場合において、これらの規定に規定する補償金、対価又は清算金の額のうち既に同条第一項の特別勘定の金額及び同条第二項に規定する期中特別勘定の金額の計算の基礎とした同条第一項及び第二項に規定する取得に充てようとするものの額があるときは、法第六十四条第一項に規定する代替資産の取得価額又は法第六十四条の二第一項の特別勘定の金額若しくは同条第二項に規定する期中特別勘定の金額を計算する場合におけるこれらの規定に規定する補償金、対価又は清算金の額は、当該補償金、対価又は清算金の額から当該取得に充てようとするものの額に相当する金額を控除した金額とする。２９
法第六十四条の二第七項から第九項までの規定を適用する場合（次項の規定の適用がある場合を除く。）において、法第六十四条第一項に規定する代替資産の取得価額が法第六十四条の二第七項又は第八項の特別勘定の金額の計算の基礎となつた同条第一項に規定する取得に充てようとするものの額（当該特別勘定の金額が連結事業年度において設けた法第六十八条の七十一第一項の特別勘定の金額である場合には、当該特別勘定の金額の計算の基礎となつた同項に規定する取得に充てようとするものの額とし、既に収用等のあつた日を含む事業年度（当該収用等のあつた日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度。以下この項において「収用等年度」という。）後の各事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）においてこれらの取得に充てようとするものの額の一部に相当する金額をもつて取得した他の代替資産（法第六十八条の七十第一項に規定する代替資産を含む。）で法第六十四条の二第七項及び第八項の規定（当該収用等年度後の各事業年度が連結事業年度に該当する場合には、法第六十八条の七十一第八項及び第九項の規定）の適用を受けたものがある場合には、これらの取得に充てようとするものの額から当該他の代替資産の取得価額に相当する金額を控除した金額とする。）を超えるときは、その超える金額を控除した金額をもつて当該代替資産の取得価額とする。３０
法第六十四条の二第四項又は第六十八条の七十一第五項の規定により引継ぎを受けた特別勘定の金額を有するこれらの規定に規定する合併法人等が法第六十四条の二第七項から第九項までの規定を適用する場合において、法第六十四条第一項に規定する代替資産の取得価額が当該引継ぎを受けた特別勘定の金額の計算の基礎となつた法第六十四条の二第一項、第二項又は第四項第二号に規定する取得に充てようとするものの額（当該特別勘定の金額が法第六十八条の七十一第五項の規定により引継ぎを受けたものである場合には、当該引継ぎを受けた特別勘定の金額の計算の基礎となつた同条第一項、第三項又は第五項第二号に規定する取得に充てようとするものの額とし、既に当該特別勘定の金額の引継ぎを受けた日以後にこれらの取得に充てようとするものの額の一部に相当する金額をもつて取得した他の代替資産（法第六十八条の七十第一項に規定する代替資産を含む。）で法第六十四条の二第七項及び第八項の規定（当該引継ぎを受けた日を含む事業年度以後の各事業年度が連結事業年度に該当する場合には、法第六十八条の七十一第八項及び第九項の規定）の適用を受けたものがある場合には、これらの取得に充てようとするものの額から当該他の代替資産の取得価額に相当する金額を控除した金額とする。）を超えるときは、その超える金額を控除した金額をもつて当該代替資産の取得価額とする。３１
法人が、法第六十四条第八項（法第六十四条の二第八項において準用する場合を含む。）又は法第六十四条の二第二項の規定の適用を受けようとする場合には、これらの規定に規定する適格分割等の日以後二月以内に財務省令で定める書類を納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。（換地処分等に伴い資産を取得した場合の課税の特例）第三十九条の二
前条第二項第一号及び第二号並びに第三項の規定は、法第六十五条第一項第一号に規定する政令で定める資産について準用する。２
法第六十五条第一項第六号に規定する政令で定める資産は、マンションの建替え等の円滑化に関する法律第二条第一項第六号に規定する施行マンションに関する権利及びその敷地利用権（同項第十六号に規定する敷地利用権をいう。第五項において同じ。）とする。３
法第六十五条第二項第一号の規定により帳簿価額から控除する政令で定めるところにより計算した金額は、同条第一項に規定する換地処分等により譲渡した資産に係る同項に規定する補償金等の額又は同項に規定する保留地の対価の額が当該資産に係る同項に規定する交換取得資産の価額と当該補償金等の額又は当該保留地の対価の額との合計額のうちに占める割合を、当該帳簿価額に乗じて計算した金額とする。４
法第六十五条第二項第三号の場合において帳簿価額に加算する政令で定めるところにより計算した金額は、同号に規定する譲渡した資産の譲渡により取得した同号に規定する交換取得資産の価額が当該交換取得資産の価額と同条第一項に規定する補償金等の額又は同項に規定する保留地の対価の額との合計額のうちに占める割合を、同号に規定する経費の金額の合計額について前条第一項の規定に準じて計算した当該譲渡した資産に係る部分の金額に乗じて計算した金額とする。５
法第六十五条第一項第六号の規定の適用を受ける場合において、マンションの建替え等の円滑化に関する法律第五十七条第一項の認可を受けた同項に規定する権利変換計画（同法第六十六条において準用する同項の規定により当該権利変換計画の変更に係る認可を受けた場合には、その変更後のもの）に記載された当該法人の有する同法第二条第一項第六号に規定する施行マンションに係る敷地利用権の価額（以下この項において「譲渡資産の価額」という。）と当該施行マンションの敷地利用権に対応して取得する同条第一項第七号に規定する施行再建マンションに係る敷地利用権の価額の概算額（以下この項において「交換取得資産の概算額」という。）とが異なる場合には、法第六十五条第一項第六号に規定する権利変換により同項に規定する譲渡した資産の譲渡直前の帳簿価額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。一
当該譲渡資産の価額が当該交換取得資産の概算額を超える場合 その超える部分の金額を法第六十五条第二項第一号に規定する補償金等の額とみなして、同号の規定に準じて計算した金額二
当該交換取得資産の概算額が当該譲渡資産の価額を超える場合 その超える部分の金額を法第六十五条第二項第二号に規定する支出した金額とみなして、同号の規定に準じて計算した金額６
前項の規定の適用がある場合における第四項の規定の適用については、同項中「同号に規定する譲渡した資産の譲渡により取得した同号に規定する交換取得資産の価額が当該交換取得資産の価額と同条第一項に規定する補償金等の額又は同項に規定する保留地の対価の額」とあるのは「次項に規定する交換取得資産の概算額が当該交換取得資産の概算額と同項第一号に規定する超える部分の金額」と、「同号に規定する経費」とあるのは「同条第二項第三号に規定する経費」とする。７
第四項の規定は、法第六十五条第三項に規定する補償金等の額のうちから支出したものとして政令で定める金額の計算について準用する。この場合において、第四項中「同号に規定する交換取得資産の価額」とあるのは、「補償金等の額」と読み替えるものとする。８
第三項の規定は、法第六十五条第三項に規定する補償金等の額に対応する部分として政令で定めるところにより計算した金額の計算について準用する。この場合において、第三項中「同項に規定する補償金等の額又は同項に規定する保留地の対価の額」とあるのは、「同項に規定する補償金等の額」と読み替えるものとする。９
法人が、法第六十五条第五項の規定の適用を受けようとする場合には、同項に規定する適格分割等の日以後二月以内に財務省令で定める書類を納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。１０
法第六十五条第七項に規定する政令で定める部分は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める部分とする。一
法第六十五条第一項第四号の資産が権利変換により譲渡した資産に係るものである場合 同号の資産のうち、都市再開発法第百四条第一項の差額に相当する金額が当該譲渡した資産に係る権利変換により取得した施設建築物の一部を取得する権利及び施設建築敷地若しくはその共有持分又は地上権の共有持分の権利変換の時における総価額のうちに占める割合を、当該譲渡した資産の権利変換の時における価額に乗じて計算した金額に相当する部分二
法第六十五条第一項第四号の資産が買取り又は収用（以下この号において「買取り等」という。）により譲渡した資産に係るものである場合 同項第四号の資産のうち、都市再開発法第百十八条の二十四第一項（同法第百十八条の二十五の二第三項の規定により読み替えて適用される場合を含む。）の差額に相当する金額が同法第百十八条の十一第一項の規定により取得した同号に規定する建築施設の部分の給付を受ける権利の買取り等の時における価額のうちに占める割合を、当該譲渡した資産の買取り等の時における価額に乗じて計算した金額に相当する部分１１
法第六十五条第八項に規定する政令で定める部分は、同条第一項第五号の資産のうち、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第二百四十八条第一項の差額に相当する金額が法第六十五条第八項の防災施設建築物の一部を取得する権利及び防災施設建築敷地若しくはその共有持分若しくは地上権の共有持分又は個別利用区内の宅地若しくはその使用収益権の権利変換の時における総価額のうちに占める割合を、当該資産の権利変換の時における価額に乗じて計算した金額に相当する部分とする。１２
法第六十五条第十項第一号に規定する政令で定める場合は、第五項第一号に掲げる場合とする。１３
法第六十五条第十項第一号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同号に規定する譲渡利益額（当該譲渡利益額に係る法人税法施行令第百二十二条の十四第五項に規定する調整済額がある場合には、当該調整済額を控除した金額）に第三項（第五項第一号の規定により準じて計算する場合を含む。）、第十項第一号又は第十一項に規定する割合を乗じて計算した金額とする。１４
法第六十五条第十一項の規定により同条第十項に規定する適用譲渡損益調整資産（以下この項及び次項において「適用譲渡損益調整資産」という。）とみなされた減価償却資産につき法人税法第六十一条の十三第二項の規定を適用する場合には、法人税法施行令第百二十二条の十四第四項第三号に規定する取得価額は法第六十五条第十一項の規定を適用する前の適用譲渡損益調整資産の取得価額とし、同令第百二十二条の十四第六項第一号ロに規定する耐用年数は法第六十五条第十一項の規定を適用する前の適用譲渡損益調整資産について適用する耐用年数とする。１５
法第六十五条第十項に規定する譲受法人の有する適用譲渡損益調整資産の譲渡により内国法人に同項の規定の適用があるときは、当該譲受法人が当該譲渡につき法人税法施行令第百二十二条の十四第十七項の規定により通知しなければならない事項は、同項に定めるもののほか、当該譲渡につき法第六十五条第十項の規定の適用がある旨及び当該譲渡に係る同条第十一項に規定する換地処分等により取得した資産の種類（同条第十項第一号に掲げる場合には、第十三項に規定する割合を含む。）とする。（収用換地等の場合の所得の特別控除）第三十九条の三
法第六十五条の二第一項に規定する譲渡した資産の譲渡に要した経費で当該補償金等又は交換取得資産に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する収用換地等（以下この条において「収用換地等」という。）により譲渡をした資産の譲渡に要した経費の金額の合計額が、当該収用換地等に際し譲渡に要する経費に充てるべきものとして交付を受けた金額の合計額を超える場合におけるその超える金額のうち、当該譲渡をした資産に係るものとして財務省令で定めるところにより計算した金額とする。２
法第六十五条の二第一項に規定する政令で定める部分は、換地処分等（法第六十五条第一項に規定する換地処分等で同項第三号から第六号までに掲げる場合に該当するものをいう。以下この条において同じ。）により譲渡した資産のうち、当該換地処分等により取得した資産の価額が当該取得した資産の価額と当該資産とともに取得した補償金等（法第六十五条の二第一項に規定する補償金等をいう。以下この条において同じ。）の額又は保留地の対価（法第六十五条第一項に規定する保留地の対価をいう。次項において同じ。）の額との合計額のうちに占める割合を、当該譲渡した資産の価額に乗じて計算した金額に相当する部分とする。３
法第六十五条の二第二項に規定する譲渡した資産の譲渡直前の帳簿価額のうち当該補償金等の額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額は、当該換地処分等により譲渡した資産（法第六十五条第七項又は第八項の規定により法第六十四条第一項に規定する収用等による譲渡があつたものとみなされる資産を含む。）の譲渡直前の帳簿価額に当該補償金等（法第六十五条第七項に規定する変換清算金及び同条第八項に規定する防災変換清算金を含む。）の額が当該補償金等の額と当該補償金等とともに取得した資産の価額又は保留地の対価の額との合計額のうちに占める割合（次項において「補償金割合」という。）を乗じて計算した金額とする。４
法第六十五条の二第二項に規定する譲渡した資産の譲渡に要した経費で当該補償金等に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する経費の金額の合計額について第一項の規定に準じて計算した当該譲渡した資産に係る部分の金額に補償金割合を乗じて計算した金額とする。５
法第六十五条の二第三項第一号に規定する政令で定める期間は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める期間とする。一
法第六十五条の二第三項第一号に規定する資産の収用換地等による譲渡につき土地収用法第十五条の七第一項の規定による仲裁の申請に基づき同法第十五条の十一第一項に規定する仲裁判断があつた場合 当該申請をした日から当該譲渡の日までの期間二
前号の譲渡につき土地収用法第四十六条の二第一項の規定による補償金の支払の請求があつた場合 当該請求をした日から当該譲渡の日までの期間三
第一号の譲渡につき農地法第三条第一項又は第五条第一項の規定による許可を受けなければならない場合 当該許可の申請をした日から当該許可があつた日（当該申請をした日後に当該許可を要しないこととなつた場合には、その要しないこととなつた日）までの期間四
第一号の譲渡につき農地法第五条第一項第六号の規定による届出をする場合 当該届出に要する期間として財務省令で定める期間６
法第六十四条の二第六項又は第六十八条の七十一第七項の規定により当該法人の特別勘定の金額とみなされた法第六十四条の二第一項の特別勘定の金額を有する同条第四項又は法第六十八条の七十一第五項に規定する適格合併等に係る合併法人等が、法第六十四条の二第十項から第十二項まで（これらの規定を法第六十五条第三項において準用する場合を含む。）の規定に該当することとなつた場合において、当該適格合併等に係る被合併法人、分割法人又は現物出資法人（以下この項において「被合併法人等」という。）から引き継がれた当該特別勘定の金額（当該適格合併等の日以後益金の額に算入された、又は益金の額に算入されるべき金額がある場合には、これらの金額を控除した金額。以下この項において「引継残額」という。）に係る収用換地等のあつた日を含む被合併法人等の事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）のうち同一の年に属する期間中に当該被合併法人等の収用換地等により譲渡した資産の全部に係る引継残額がないこととなり、かつ、当該資産（換地処分等により譲渡した資産のうち第二項の規定に基づき当該換地処分等により取得した資産の価額に対応する部分とされる部分及び法第六十五条第七項から第九項までの規定により換地処分等による譲渡があつたものとみなされる資産を除く。）のいずれについても当該被合併法人等及び当該合併法人等が法第六十四条第一項（法第六十四条の二第七項又は第六十五条第三項において準用する場合を含む。）、法第六十四条第八項（法第六十四条の二第八項又は第六十五条第三項において準用する場合を含む。）又は法第六十五条第一項若しくは第五項の規定（法第六十八条の七十第一項（法第六十八条の七十一第八項又は第六十八条の七十二第三項において準用する場合を含む。）、法第六十八条の七十第七項（法第六十八条の七十一第九項又は第六十八条の七十二第三項において準用する場合を含む。）又は法第六十八条の七十二第一項若しくは第五項の規定を含む。）の適用を受けていないときは、法第六十四条の二第十項から第十二項までの規定に該当することとなつた当該引継残額と五千万円（当該収用換地等のあつた日の属する年において当該被合併法人等の他の資産の収用換地等により取得した法第六十五条の二第一項に規定する補償金等（法第六十五条第七項に規定する変換清算金及び同条第八項に規定する防災変換清算金を含む。）の額又は交換取得資産の価額につき、法第六十五条の二第一項、第二項又は第七項の規定により損金の額に算入した、又は損金の額に算入する金額（法第六十八条の七十三第一項、第二項又は第七項の規定により損金の額に算入した金額を含む。）があるときは、当該金額を控除した金額）とのうちいずれか低い金額を、その該当することとなつた日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。７
法第六十五条の二第一項、第二項若しくは第七項又は前項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算については、これらの規定により損金の額に算入される金額は、法人税法施行令第九条第一項第一号イに規定する所得の金額に含まれるものとする。出典
法令データ提供システム http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S32/S32SE043.html
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当コンテンツは、よくあるご質問（法令検索内）Q9に基づき、総務省行政管理局：法令データ提供システムのデータを利用して作成されています。